在曹变蛟和王朴到了之后，崇祯皇帝正式任命孙传庭为总督漕运山东河北军务，原来的陕西巡抚职位由丁启睿接任，洪承畴的三边总督也卸任了由郑崇俭接任，他去当蓟辽总督。
清军进入山东后，孙传庭开始和高公公商议该如何协防山东，他认为清军可能从德州去济南或者是过大运河去济南。
两人商议后，孙传庭让王朴率军去防守德州，高起潜和吴襄率军去防守临清州，同时让山东各地明军去德州防守，令山东巡抚颜继祖，登莱巡抚杨文岳两人一起去德州坐镇。
山东兵自吴桥兵变后就没恢复过来了，前任山东总兵刘泽清此前调任通州总兵将能打仗的都带走了，新任山东总兵倪宠上任后除了自己家丁，手上就没有能打的部队了。
多尔衮得知德州已经有重兵防守了，于是和岳托商议后率军从临清进兵，这里只有之前被他们打败的高公公和吴襄的五千兵马防守临清，而多尔衮他们根本没有打临清直接绕过了这里渡过运河直扑济南，清军有三万多兵马，高公公和吴襄根本拦不住，只得飞速上报朝廷和总督孙传庭。
济南作为山东的首府又是德王的藩封之地，仅有三千多临时征集乡勇防守，看到清军架设云梯准备进攻后，全都不战而逃，在崇祯十二年正月初二被清军一鼓而下，镇守济南的山东巡按宋学朱不会骑马，坐着轿子逃跑结果被清军拦住然后乱刀砍死。
清军在济南展开了惨无人道的大屠杀，百姓被杀十三万，济南全城被劫掠一空，德王朱由枢被俘，随后清军再次攻陷东平、莘县、馆陶、阳谷、寿张，无论是士绅还是百姓都遭了老罪了。
唯一给清军在山东行动造成损失的就是天花大将军，代善的儿子，扬武大将军岳托感染天花在济南死了。
因为刘大帅的原因，祖宽这次没有出现在济南，高公公和吴襄派到济南协防的是一个叫刘国栋的参将，他带着五百人赶到济南时城池已经沦陷了，又被清军重兵拦截最后只身逃脱，事后经部议济南失陷的第一责任人就是刘国栋，他在诏狱被蹲了半年后因陷藩罪在西市被处死。
济南失陷后，孙传庭再也没办法稳坐钓鱼台了，他带着刚赶到的郑嘉栋、高迎恩、李茂春、曹变蛟等人慌忙从真定府赶到德州，准备在清军北撤时拦截，如果能救出被俘的德王朱由枢，自己罪名可能会减轻一些。
清军此时也已经抢够了，带着大量劫掠的辎重还有抓的百姓北上，准备离开山东了。
多尔衮倒是没有直接往德州撞了过去，绕了一圈从武定州往北直隶赶路，孙传庭先派王朴出战，在武定州王朴被打败损失了数百人只得撤离。
老孙接着又派出郑嘉栋等人率军四千前往盐山县阻击清军，结果被劳萨击败损失惨重，一路又追击到乐陵县。
这一仗也是这次清军入寇三边官军第一次和清军接战结果被打的大败，高迎恩在此后再也没有从孙传庭的奏疏里面出现了，老孙暂时不敢再和清军正面开片了，只能学前人老办法，派出小股部队跟在多尔衮屁股后面袭扰。
这样的袭扰自然没办法拦住清军脚步，很快多尔衮和杜度就离开了山东转进到了北直隶，进入北直隶后，在蔡儿庄被京营参将周遇吉截击，周遇吉斩首十级，也算是这一路上第一个胜仗了。
在清军撤离山东后，孙传庭无论如何也得继续追击，崇祯皇帝对他怯战感到很生气下严旨斥责，孙传庭无奈只得派出自己一直舍不得派上战场的曹变蛟以及郑嘉栋部的残兵败将和王朴刘光祚等人在杨柳青附近迎战清军，同时让高公公和吴襄也配合。
关宁军的副总兵屠朝相和都司朱之镇先接战，孙传庭又派了刘光祚增援，这人根本不敢接战，直接带着部队跑路了，王朴见友军跑了自己也脚底抹油，待曹变蛟赶到后，屠朝相和朱之镇已经战死，队伍溃败，然后他也跑了，杜度带着劳萨追击明军至静海县，斩杀明军上千，夺战马五百多匹。
这一仗把高公公手下的兵马打掉了一大半，因为逃跑的全是孙传庭指挥的将领，高公公就上奏疏弹劾了孙传庭，同时拒绝和孙传庭再合作，自己这点精兵不能再这么无意义的送了。
孙传庭也知道不好好打一仗，自己战后绝对要进诏狱搞不好还得被砍了，于是在二月初四，他让郑嘉栋、曹变蛟、杨国柱在茨州黄花店一带伏击清军谭泰部，谭泰发现了明军的埋伏，同明军三个总兵在黄花店接战，双方打了个不分胜负。
明军战后斩首七级，孙传庭上奏说明军作战勇敢击溃清军一路偏师，谭泰上奏给皇太极说自己带着本部和蒙古兵击败孙都堂和三个总兵，击溃一万多明军。
这一仗没能斩获太多，在三天后孙传庭又在东安县的运河组织了一次伏击，这次清军没有发现伏兵，明军大胜击败清将费扬古斩首十七级，抢回清军劫掠的四千四百两银子，牲畜五十头，救回一百多被掳的百姓。
这一下让曹变蛟信心大增，又来向孙传庭请战，不过搜寻几天也没找到合适的对手，清军没有再散开到处乱跑了。
就这么样清军一路撤到三屯营，孙传庭就跟着后面撵，再加把劲就能把清军送出去了，这时候处理完了关外的事，祖大寿带着上万关宁军入关勤王，在宝坻县碰到了一支清军队伍，他冲进去就是一顿乱砍乱杀，也不分辨老百姓和清军最后斩首一千级，当然有多少是老百姓的有多少是清军的就不得而知了。
祖大寿虽然来了，但是也没法打赢，明军还是一路撵着清军的屁股往长城外面送，时不时割几个人头，或带着骑兵在大队清军后面转一圈，在清军反应过来前立马跑路，就这样终于将这帮煞神送出了长城。
当然这种战功根本没法打动崇祯皇帝，在清军撤走后，马上将孙传庭逮入诏狱，最初的罪名是欺君，因为监督孙传庭的刘宇亮说他耳朵不聋听得到别人说话。
当然这次事件还没有结束，就在祖大寿入关勤王时，皇太极抓住机会出兵围攻松山，集结乌真超哈，让固山额真石廷柱以及马光远带着大量红夷炮轰击松山防线，祖大寿带着关宁军迅速返回锦州。
此次皇太极亲自挂帅，阿济格、硕托、尼堪、罗托以及耿仲明、尚可喜随军出征，此时松山只有金国凤带着三千兵马在防守。
在红夷大炮轰击后，皇太极让耿仲明和尚可喜率军进攻松山东门的墩台，石廷柱进攻南门墩台，马光远进攻西南墩台，拿下了这些城外的工事，并且俘虏了几十名没被炸死的明军，清军休整了一天准备第二天一举拿下松山，拿下松山锦州便是一座孤城了。
第二天，由耿、尚二人指挥十余门红夷大炮轰击松山南门，这可不是刘大帅手里的那些迷你版八百斤红夷炮，全是三千斤以上的重炮，守将金国凤见清军没有要停的意思，率军出城准备来个突然袭击，不料清军早有准备，明军遇到了鸟铳和弓箭的袭击，只得退回城里。
十余门红夷炮和大量的中型火炮轰击持续了整整一个上午，松山的垛台被轰的光秃秃的，金国凤只得命令用草木临时修补一下城墙。
汉军把城墙炸的差不多了，皇太极命令满州八旗众将领架设云梯攻城，八旗兵们全都士气高昂，争先恐后准备进攻，这时候礼亲王代善说道“天色快要黑了，明天再进攻如何？”
皇太极听从了他的建议，下令召回各路将领，但众将包括尚可喜等人都认为应该迅速攻城，一举拿下。
当天夜里，松山城内的守军趁着夜色，在白天被攻破的城南缺口处修补，他们不敢点灯暗中用绳子系住木头填补缺口，再覆盖泥土进行加固，等到天亮时城墙已经大致修复到位了。
第二天皇太极登上南面山冈，视察城墙被炮火轰毁的地方，发现守军都用高粱秆和木柴堵住了缺口，而红夷炮的弹药经过昨天狂轰滥炸后已经告罄了。
皇太极身边的亲军表示，就算是修补好了的城墙他们也能拿的下来，就这样皇太极让自己亲军搭云梯攻城，一个叫真特的亲军率军先登，被明军击杀掉下城墙，爬上城墙的二十多个亲军全部被明军弄死，同时明军火炮也开始轰击，清军只得撤退，云梯也被烧了个干净。
没炮这仗没办法打了，皇太极下令让参战的每个牛录出一个人回沈阳运炮弹一万枚，火药五万斤。
在这期间清军没有再发动进攻，明军趁着机会继续修补松山城墙，过了七八天了火药和炮弹都没有运过来，而松山被炸毁的城墙都快被修补完了。
耿仲明是矿工出身，他提了一个建议，那就是挖地道攻破松山，挖到城墙那里用火药炸塌城墙就能拿下松山了，这期间祖大寿又派兵从海上支援松山，被清军击杀五十人，援军只得转入杏山。
在三月初九多尔衮等人也从关内胜利归来，多尔衮上奏说，自己这一路共攻克城池三十四座，招降六城，击败敌军十七阵，俘获人口二十五万七千八百八十人。将士凯旋归来。
右路军统帅杜度上奏说道，他从明朝京师一带出发，西至山西边界，南到山东济南府，纵横驰骋，攻略各地。
共攻克十九座城池，招降两城，击败敌军十六阵，斩杀明军总督及守备以上官员共百余人，生擒亲王一位、郡王一位、奉国将军一位，俘获人口二十万四千四百二十三人，缴获黄金四千零三十九两，白银九十七万七千四百零六两。
相比于关内的轻松，进攻松山的清军就很难搞了，耿仲明挖了快二十天了也没挖到城下，因为松山地下都是石头挖深了还有水，工程量十分浩大，挖地道攻城一事只得作罢。
皇太极又开始写信劝降金国凤，没想到他软硬不吃然后他又去劝锦州的祖大寿的妻子把这次清军在关内的战绩都告诉了她同样无功而返，把皇太极弄的很郁闷，他对下属说道：“打不下松山不怪你们，是因为我梦到了先帝，以前梦到他准没有好事，这次也是一样。”
两方在松山城外拉扯了一个多月，清军始终无法拿下松山城，只得撤军回沈阳。