自刘秀称帝之后，天下一片混沌，寻常之人，一时之间，自然找不到未来的方向。民间百姓关注的，也只是谁能给予他们衣服、粮食和住所，而不会去关心谁是将军、谁是帝王。真正关注谁做皇帝的，不过是那些王侯将相，王公贵族。他们为求自保，就必须不断地进取。所以至此天下大乱之际，各处纷纷起兵。
即使在更始朝廷内部，无论是小小士人抑或者是王侯将相，都各自暗怀鬼胎，他们从内心深处，都不再拥护刘玄，只是各自的出路，却都有所不同。
眼下，赤眉军一路西进，更始政权的中央政权遭受到赤眉军的沉重打击。眼看大厦将倾，却无一人愿意出来力挽狂澜。并不是他们没有实力，而是他们不愿意再为更始帝刘玄卖命。例如此刻的更始政权内部，张步为求一方诸侯的地位，遂起兵于剧县，李宪为保自己不和刘玄一般衰败，亦占据了庐江，秦丰则盘踞在黎丘四处观望。当然，这之中，尚还有一些原绿林系的将领，为了维持中央政权的稳定，依旧镇守四方，例如朱鲔守卫洛阳，尹尊屯驻郾城，刘赐守备宛城。仅仅洛阳城以及周边的守军，就达到二十万人以上。再加上其余各地的更始军队，兵马总数更是在五六十万左右。如果能够统一起来，再有一位得力的统帅，逐鹿中原之日，他们也未尝不可一问鼎之轻重。可惜他们为了自己的利益，选择各自为战，最终免不了被敌人各个击破的结局。而反观天下大势，除了刘玄、樊崇、刘秀等人具备争夺天下的实力之外。
边陲之地，亦不乏能人异士、实力强横之人，控制着益州、巴郡、牂牁、广汉、犍为、蜀郡、永昌、越巂等地的“巴蜀之王”公孙述，控弦百万、战将千员。
占据着天水、陇西、北地、上郡、安定、武都、西河七郡之地的隗嚣，居高临下、虎视中原；盘踞在河西敦煌、武威、酒泉、张掖、金城五郡的窦融，兵力强悍、战将勇猛。这些人都是当世一等一的枭雄，不仅具有问鼎天下的野心，亦具备夺取神器的实力。
刘玄此刻正处于诸强环嗣的境地，早在迁都长安之前，就有人对刘玄陈述迁都长安的弊病，其间言道，迁都之弊，可见三点。
一者，迁都长安，粮食供应问题难以解决。特别是脱离了河北、河南等地，天下粮仓从此距离更始政权的首都千里之遥，继而拱手让出其在战略上的主动权，使得更始政权在战略上陷入了极大的被动。
二者，豪宅、美女、花花世界，这些曾经都是刘玄为了鼓舞绿林系将领同意西迁长安的砝码，此刻却成了刘玄灭亡的掘墓人，迁都长安之举，使得以绿林军将领为核心的中坚力量迅速腐化蜕变，日益堕落，丧失了进取心，更始政权很快就沉溺在酒池肉林之中，丧失了夺取天下的决心和勇略。
第三，则使得更始政权在控制中原上，远远不如洛阳方便。虽然此刻洛阳依然在更始政权手中，但是“将在外，君令有所不受”。更始政权的中央权力机构，其控制力甚至难以万全渗透到洛阳各处，更何况是通过洛阳虎踞中原、鲸吞天下呢？
当然，对于迁都，刘玄也有他自己的考虑，司马迁就在《上林赋》一文中这样描绘长安为中心的关中各地：“终始灞、浐，出入泾、渭、酆、镐、潦、潏，纡余委蛇，经营其内，荡荡乎八川分流，相背异态。”可见当时关中之地，实在是富庶无比，迁都长安，为更始政权的巩固可以提供强大的助力；与此同时，刘玄也认识到，当时赤眉军太过强大，兵力总数有几百万之多，纵横天下，几乎无人能捋其锋。而反观洛阳四周，一马平川，几乎没有任何险关要隘可守，如果敌人大军攻破洛阳四周屏障，那么洛阳也必将成为别人的囊中之物。只有关中三辅，东有函谷关，西有大散关，南有武关。北有崤关，自古号称为“四塞之国”，故称关中。凭借关中险要关隘，刘玄便可以躲避赤眉流民军的正面攻击。因此，迁都长安不失为一个明智的举动；此外，刘玄一直自诩是刘室正统，自然要和西汉刘氏皇族一般，定都长安，刘玄相信，这样不仅可以保持军事上的不败地位，同时也能取得政治上的优势地位。
在利与弊的权衡之间，刘玄和更始政权的文武群臣最终选择了从洛阳迁都到长安，只是当时他亦有过疑虑，到底迁与不迁，谁对谁错。也许只有历史本身，才能够给予他最为正确的答案。
更始政权败亡似乎已成不可挽回的事情，而加剧这种败亡的，除了更始政权本身的腐败无能、赤眉军的一路西进之外，还有以邓禹为代表的刘秀汉军的西征。更始三年（公元25年）正月，邓禹率领他所挑选的两万精锐部队以及韩歆为军师，李文、李春、程宪为祭酒，樊崇（与赤眉军领袖同名，却不是同一个人）为骁骑将军，耿欣为赤眉将军，宗歆为车骑将军，冯愔为积弩将军，邓寻为建威将军，左于为军师将军的领兵系统，挥军西进。可以说，为了这一场战役，刘秀可谓是费尽心机，大军果然不负众望，很快就突破太行山天险，进入上党郡境内。此后，大军一路凯歌高奏，经历多长或简单、或艰难的战斗，先后攻陷了上党郡内的箕关以及河东郡的首府安邑，邓禹拿下安邑，不仅彻底平定了河东郡全境，还有一个重大的收获，他还得到了一员大将张宗。这张宗不仅骁勇善战，而且精通兵法，正是邓禹西征最为需要的人才，邓禹利用其将才，在战场上奋勇拼杀，加速了这场战役的胜利进程。不久，整个河东郡都归入邓禹囊中。数月之后，由于赤眉军的任意烧杀抢掠，民心渴盼归附，汉军已经招募了十几万军队，并在衙县与守城的更始政权名将，即中郎将、左辅都尉公乘歙的十几万军队交战中，大获全胜。
面对邓禹的大军，刘玄忧心忡忡，担心不久邓禹大军就会攻破自己苦心在东方构筑的防线，突然出现在长安城外。更让刘玄担心的是，皇朝内部也出现了问题，更始三年（公元25年）六月，王匡、张卬在河东被邓禹率领的西征大军打得大败，率领残部仓皇逃回长安。这一下，算是彻底地惊醒了沉醉在温柔乡中的更始政权的诸位头领，有人甚至建议，在长安城中搜集财物，从赤眉军中杀出一条血路，而后回到南阳，以图东山再起。这些话看似没有什么道理，却说到绿林系诸位将领的心坎上去了，刘玄为此担心，也许不久之后，自己的帝位会在皇朝破灭之前就不保。
王匡、张卬等人在向刘玄进言之时，竟然被其大骂了一场，于是，众人决定铤而走险：发动兵变劫持刘玄，胁迫着他一起归还南阳。不过，仅仅靠绿林系的力量还不足以成事。为了确保政变成功，必须还要联络其他的力量。有人提出：御史大夫隗嚣器略深远，可图大事。这隗嚣本是皇帝刘玄的心腹，官居御史大夫，然而，他却为了保全更始政权，向刘玄进言道：“陛下自从进入长安以来，举措乖张，政务失驭，人心不附。臣以为，陛下不如逊位，归政于国老刘良，如此一来，人心可安，赤眉自去。”刘玄闻言，当即大怒，这还是昔日自己倚为股肱的重臣吗？刘玄考虑到眼下军情紧迫，最终没有杀他，担心中已经生出了嫌隙。隗嚣也深有自知之明，此后一直称病不上朝。
很快，王匡就找上了隗嚣，双方一拍即合。当然，这并不代表隗嚣就会甘心随着王匡等人造反，他只是在寻求一个活命的机会，到他们发动变乱之时，趁乱返回自己的老巢天水。可惜，人算不如天算，刘玄似乎对此有所觉察，紧急征调王匡、陈牧等人出镇新丰，以去抵御赤眉军。刘玄的这一举措，彻底打乱了王匡等人的计划。
王匡一走，留下的张卬等人明白，樊崇何等军威，王匡此去，无异于以卵击石，怕是“黄鹤一去不复返”了。为了保全性命和富贵，他们毅然决定，重新拟定计划，同时找寻新的合作伙伴。这时的长安，平氏王申屠建主持朝廷日常事务，韂尉大将军、淮阳王张卬，执金吾、大将军、穰王廖湛，随王胡殷等三人则负责把持长安城中的军务。御史大夫隗嚣则被冷落在一边。可见此时的刘玄，已经极度不信任自己曾倚仗的御史大夫了。只是他没料到，“夫妻本是同林鸟，大难临头各自飞。”昔日一个个宣誓忠于自己的这些大臣们，竟然联合到一起，准备在九月立秋日这天，趁刘玄出席“膢腊社伏”典礼的机会，将其劫持，然后抢劫长安财宝，东归南阳。幸好这个计划被刘玄的一个臣下知道，告知了刘玄，刘玄才得以未雨绸缪、把握先机。最终，刘玄决定要诛除申屠建、张卬、胡殷、廖湛、隗嚣等五人为首的叛乱者，但只可智取，不可力敌。于是，他决意称病，让五人前来探望。隗嚣似乎有所觉察，趁着他们进宫、皇帝放松警惕的机会，准备逃出长安。也正是他，救下了张卬、胡殷、廖湛三人。皇帝刘玄计划等到五人悉数到齐之后，在一举拿下他们，斩草除根。可惜隗嚣一直没到，刘玄便决定等等，然而通过明察暗测，张卬、胡殷、廖湛三人纷纷发现不对劲，于是一个个相继找理由离开。只有一向聪明的申屠建此刻却是犯了糊涂，最终被刘玄抓住，斩首示众。
刘玄立马派人包围御史大夫府，同时搜捕张卬、胡殷、廖湛三人。这三人一路直接回到军营，带兵冲向御史大夫府。此刻邓晔正在猛烈地攻击御史大夫府，突然张卬、胡殷、廖湛带兵前来，两面夹击之下，邓晔顿时大败。隗嚣也趁势带兵西出长安，赶回天水，在那里重新召集旧部，控制了天水郡一带。从此，他自称“西州上将军”，割据一方，不再服从任何人的号令。而张卬、胡殷、廖湛三人，则迅速率领部队包围了皇宫，最终迫使刘玄仓皇逃出长安，奔赴新丰，投奔他的老丈人赵萌。
到达新丰，刘玄急忙命令王匡、陈牧、成丹来见他。陈牧、成丹等人不防刘玄设下陷阱，急忙应命来到刘玄帐下。刘玄二话不说，就命左右将这二人抓住，并问这二人，是否知道自己有罪。陈牧、成丹二人自知大势已去，遂没有多加辩驳，便被推出帐外斩首。王匡因为是主将，暂时幸免于难，但是“皮之不存，毛将焉附”？王匡知道，只要危机一过，皇帝就会对自己痛下杀手，于是，王匡迅速整合本部人马，返回长安。
此时，丞相李松带领的勤王兵赶到，偕同赵萌手下的军队，一起反攻长安。一个月之后，王匡等人败逃，刘玄重新做回更始皇帝，只是经此一役，本来就岌岌可危的更始政权，更加风雨飘摇。就连刘玄曾经发号施令的长乐宫也不能再住，刘玄只能搬到长信宫居住。
更始三年（公元25年）三月，赤眉军在蓩乡地区击败了丞相李松率领的更始军主力，全歼其部三万多人，打破了更始政权在东线的重要防线。从此以后，赤眉军一路高歌猛进，又接连攻陷湖县等更始重镇，作为自己暂时的立足之地。此时，赤眉军已经是拥兵数十万，更对更始政权的中心所在长安虎视眈眈。
本来，以更始政权和赤眉军的相对实力而言，赤眉军要获取长安，无异于探囊取物，容易之极。但是在这之前，樊崇还必须要册立一个皇帝，同时理清各级职能部门的关系，只有这样，才能约束流民军，让他们不至于到了千古名都长安之后，得意忘形、胡作非为。同时，也能够借此提高赤眉军的凝聚力和战斗力。
在此之前，隗嚣的军师方望，因拥立刘婴而被刘玄派兵剿灭身死。他的弟弟方阳逃往弘农郡，向赤眉军献降。方阳素有才智，被首领樊崇任用为谋士，参赞机务。樊崇亦是一介武夫，对于朝中各处机要及其职能，所知甚少，只能向方阳请教。方阳当然是知无不言、言无不尽。
其实，当今天下诸侯政权的官职部门设置，大多数都是仿效西汉旧制。方阳将这些惯例一一向樊崇解释说明，樊崇深以为善。
针对设立皇帝事宜，方阳亦建议立刘氏宗族子弟为皇帝，名正言顺地讨伐天下群雄。六月中旬，赤眉军行军到了郑县（今陕西华县）境内，樊崇召集诸首领议事，决议向四方访求一名刘氏子孙，将其立为赤眉天子。最终赤眉人马寻到了景王刘章的后裔三人，分别是刘恭、刘茂和刘盆子。这三人的家族家道中落，从小没有必要的教育，正好能够被樊崇这等人所控制。然而，赤眉众首领们却没有料到，竟然一下就寻到了三个合乎标准的人。到底应该册立谁为皇帝，让众人颇为为难。最终，通过抓阄的方式，刘盆子被流民军奉为应命天子。
天子既然册立，刘盆子自然要开始对这些功臣们封侯拜将，其中，樊崇为御史大夫，徐宣为丞相，逄安为左大司马，谢禄为右大司马，将领中自将军杨音以下都封为列卿。当然，实权都掌握在樊崇的手中，这徐宣虽然官居丞相，不过是拜樊崇不识字所赐。
樊崇的心结一解开，攻取长安的计划便开始着手施行了。开始之时，赤眉军还受到李松、赵萌、王匡、陈牧等人的顽强狙击，首次接战不利。但是不久，长安就祸起萧墙，内乱不止。樊崇则在这期间率领赤眉军主力扫荡关中北部各县，大肆掠夺粮食、辎重和财宝。九月，率领赤眉南下的樊崇在高陵大路旁边，意外地遇到了王匡、张卬等更始叛将，他们纷纷跪下，向自己乞降，樊崇自然大喜过望。
不久，流民军数十万大军齐集长安东都门外，不久便破城而入。可惜刘玄早就望风逃遁。樊崇急忙下令，追杀刘玄斩草除根。而此时的长安城内，也已经乱作一团。士兵们到此，在宵小将领的带领下，四处奔驰。不仅老百姓的身家性命得不到保全，就连更始官署都会遭遇大难。连刘秀的养父都差点死于乱军刀下，幸好最终为将领杨音所救。在杨音的秘密帮助之下，刘良率领家眷东逃，赶到洛阳去投奔刘秀。杨音也因为立下此次功勋，在赤眉兵败之后，非但没有受到责罚，反而为之拜将封侯。无独有偶，天下诸侯之中，如杨音这样良心未泯之人，倒是大有人在。其中，刘玄的部下赵熹就是这样一个典型，他千里送京娘，将刘氏一门宗亲子弟的妻子、儿女、母亲等亲人悉数保全，从长安送到南阳，让刘秀大为感激。而赵熹则从此退隐江湖、不问世事。直到二十五年之后，才被刘秀所知晓，刘秀一死，汉明帝刘庄继位，赵熹变成了辅佐他的重臣，成就一代名相的伟业。