随着联盟支援力量的抵达，神秘星系瞬间热闹起来。一艘艘先进的科研船和工程舰有序停靠在探索小队飞船附近，众多专家学者迫不及待地投入对古老文明遗迹的研究工作。他们运用联盟最前沿的科技设备，全方位解析神秘天体和基地中的每一处细节，试图破译古老符文背后隐藏的宇宙奥秘。
在对神秘天体的深入研究中，科学家们发现其内部能量的波动似乎与宇宙的基本法则有着千丝万缕的联系。通过复杂的计算和模拟，他们推测这种能量或许可以被用来操控时空的微妙结构，实现超远距离的星际旅行，甚至可能具备修复宇宙中某些不稳定区域的能力。这个发现让整个科研团队为之振奋，他们加大研究力度，期望能够找到安全提取和利用这种能量的方法。
与此同时，符文解读工作也取得了阶段性进展。语言学家和历史学家组成的联合团队，经过日夜钻研，成功破解了部分符文的含义。这些符文记载着古老文明曾经面临的一场巨大危机——一种来自宇宙深处的黑暗势力，试图吞噬所有的光明与生命，古老文明为了抵抗这股势力，倾尽所有力量，最终虽将其暂时封印，但自身也元气大伤，走向衰落。
这一发现让联盟众人意识到，宇宙中的威胁远比想象中复杂和久远。李明立即召集所有在场人员，召开紧急会议。他面色凝重地说：“我们必须加快研究进度，一方面寻找利用古老文明科技增强联盟实力的方法，另一方面也要警惕黑暗势力的再次觉醒。”众人纷纷点头表示赞同，会议结束后，各小组更加紧锣密鼓地开展工作。
在基地内部，工程人员在探索小队的带领下，深入到基地核心区域。这里布满了复杂的管道和精密的仪器，闪烁的灯光和轻微的嗡嗡声，仿佛在诉说着往昔的辉煌。突然，一名工程人员不小心触动了一个隐藏的机关，一道能量光束从墙壁中射出，击中了附近的一台仪器。仪器瞬间爆发出强烈的电流，引发了一系列连锁反应，整个基地开始剧烈震动，警报声此起彼伏。
科研团队迅速赶来，试图控制局面。他们发现，这个机关似乎与基地的自我毁灭程序有关，一旦完全启动，整个基地以及周边的神秘天体都将被彻底摧毁。科学家们争分夺秒地分析机关的运作原理，寻找关闭它的方法。然而，由于机关的设计过于复杂，且采用了古老文明独特的技术，常规的破解手段根本无法奏效。
就在众人陷入困境时，探索小队的队长突然想起在之前探索中发现的一处特殊符文标记。他带领部分队员迅速赶到标记所在位置，经过仔细研究，发现这处符文是一个备用的控制节点。他们按照之前解读出的符文知识，小心翼翼地操作控制节点。经过一番紧张的尝试，终于成功关闭了自我毁灭程序，基地逐渐恢复平静。
然而，危机并未就此结束。就在基地稳定下来后不久，负责警戒的人员发现，星系周边出现了大量不明飞行物，而且数量还在不断增加。这些飞行物与之前出现的防御飞行器不同，它们体型更大，装备着明显的攻击性武器，正以极快的速度向联盟舰队逼近。
李明意识到，他们的研究行动可能触发了某种未知的防御机制，引来了强大的敌人。他迅速下达作战命令：“全体舰队进入战斗状态，启动能量护盾，准备迎敌！科研团队继续研究，争取在战斗中找到敌人的弱点和破解其攻击的方法。”联盟舰队迅速调整阵型，战舰上的武器系统全部充能完毕，能量护盾闪耀着蓝色光芒，严阵以待。
不明飞行物群很快抵达战场，它们没有丝毫犹豫，直接发动攻击。一道道红色的能量光束射向联盟舰队，与战舰的能量护盾碰撞，发出耀眼的光芒和剧烈的爆炸声。联盟舰队也毫不示弱，激光武器和导弹齐发，向着敌人猛烈还击。战场上硝烟弥漫，爆炸声震耳欲聋，双方陷入了激烈的交火。
在战斗中，联盟舰队发现敌人的飞行物具备极高的机动性和强大的火力，而且它们之间似乎能够通过某种未知的方式进行紧密协作，战术配合十分默契。这使得联盟舰队在战斗中逐渐陷入被动，多艘战舰受到不同程度的损伤。但联盟的战士们没有退缩，他们凭借着顽强的战斗意志和精湛的战斗技巧，顽强抵抗着敌人的进攻，同时期待着科研团队能够尽快找到克敌之法，扭转战局。