我们都知道王安石第一次被罢相之后便去了江宁府任职，但他的儿子王雱却是继续留在京城为官，吕惠卿在这期间对王安石的所作所为可是让王雱给看在眼里恨在了心里。在王雱的心里，吕惠卿这时候早已不是自己父亲的亲密战友和助手，而是一个叛徒加小人，他早就想收拾吕惠卿了。
在王雱看来，李士宁的这次案发以及范百禄坚持要治罪李士宁以祸及王安石的举动都是吕惠卿这个卑鄙小人在背后指使，王安石可以为了大局而不去捅破这层窗户纸，但年轻气盛的王雱却不想继续忍气吞声。就在王雱想着该怎么收拾吕惠卿的时候，吕惠卿却在他的背后狠狠地捅了他一刀。
这年的六月，王安石将自己主持修订的《三经新义》进呈给了神宗。这个“三经”指的是《诗》《书》《周礼义》，王安石所呈上来的《三经新义》就是对这三本典籍的重新注释，换句话说，这就是以后的宋朝学子们的官方教材。用反对者的话来说，王安石这样做是在禁锢宋朝的人文思想，因为以后学子们考试的题目就是按照这个《三经新义》里的内容来的。
刻薄的说法就是，王安石这样做是在给宋朝的学子们洗脑，是在向他们灌输他个人的“三观”，更是在扼杀宋朝的学术自由。但是，这事从另一个方面来说却另有一番解释，用神宗皇帝的话来说此事就是功德无量：今谈经者言人人殊，何以一道德？卿所撰经义，其以颁行，使学者归一。
我们也说了，这本《三经新义》是王安石主持编修的，但这里面还有其他人也参与了相关学术的编修，这其中就有吕惠卿、王雱以及吕惠卿的弟弟吕升卿等人。为了表彰这些人的功劳，神宗皇帝特意下旨对这些参与此书编修的人员予以推恩：王安石加尚书左仆射兼门下侍郎，吕惠卿加给事中，王雱加龙图阁直学士，吕升卿加直集贤院。
按照宋朝的官场惯例，面对皇帝陛下的赏赐，这些人都得谦虚地上表推辞一番，然后皇帝再予以驳回，此事就此皆大欢喜，可偏偏事情就出在“谦虚”这个事上。
王安石和吕惠卿的谦辞都被神宗当场驳回，而到了王雱这里却出了问题，他上表说自己因为身体不适并没有在修书上面出多少力，况且他又是宰相的儿子，所以他应该避嫌。这事很明显就是王雱在按照官场套路为自己找的一个理由，神宗也决定驳回他的请辞，可就在这时候吕惠卿却跳了出来建议神宗接受王雱的请辞。
吕惠卿说道：“陛下，王雱说的没错，他毕竟是宰相大人的儿子，他能够这样做更是显得其品行高洁，你应该成全他的这个美名啊！”
王安石当时就在吕惠卿旁边，可他能说什么？以他的德行和为人，他会对吕惠卿横眉怒对吗？更何况，他本人年轻时就经常干王雱现在做的这种事，所以他也不觉得吕惠卿这样做有多过分，反正王雱以后还有大把的时间和机会去展现他的能力和本事。然而，王安石可以对此事毫无介怀，但年轻气盛的王雱在得知这件事情后却是勃然大怒，我们甚至于可以说王雱就是因为此事而英年早逝。
此话怎讲呢？因为此时的王雱已经是身患背疽之症，这种病如果发生在中老年身上那指定是一两年内必死，王雱因为年轻所以还能勉强扛得住。但是，这个病有一个忌讳，那就是不能动怒，情绪的暴躁会加速这种病情的恶化，乃至于导致其提前死亡。遗憾的是，王雱恰好就是一个嫉恶如仇的烈性子，吕惠卿插在他背后的这把刀让他怒火攻心的同时也让他病情加重，可他现在顾不得这些，他只想尽快地除掉吕惠卿这个变法派里的叛徒。
通过之前的种种讲述，想必我们现在都应该知道此时的变法派内部早已经产生了分裂。王安石走之前，变法派虽然有了裂痕但却还是一个整体，可在他走后，吕惠卿通过打击异己和招揽人心从而自立了山头，当王安石再次回京之后，变法派就此分成了三派：王安石、吕惠卿、中间派。这就是变法派此时的真相，表面一团和气，但实则已然分裂。
具体来说，王安石作为变法派的领袖当然是希望所有人都能团结一心，他本人不可能亲自去参与争斗，他这一派其实是他的儿子王雱在举旗，而随着王安石的回京，之前迅速跟吕惠卿结成同盟的御史中丞邓绾紧急调换阵营站到了王雱的身后。王雱身边的另一个大将则是吕嘉问，他在王安石回京之后也很快就被调回了京城。因此，若论实力，王雱这边明显强于吕惠卿，可吕惠卿也不是那么好对付的，他之前通过恩威并施的手段让其麾下也聚集起了一批铁杆。
王雱对吕惠卿的反击很快就来临了。这年七月，御史蔡承禧一纸弹劾奏疏把吕惠卿的弟弟吕升卿给告了一状，事由是吕升卿在主持国子监考试的时候有徇私的嫌隙，因为这次考试位在高等的人是一个名叫方通的学子，而这人的身份却是异常敏感，因为他是吕惠卿的小舅子。不管这里面有没有徇私的行为，但事实已经是摆在了众人的面前，宋朝的官员遇到这种事只能有一个结局，那就是自请罢职，吕升卿于是被赶出了国子监转而到太常寺去当职。
出了这么大的一个丑闻，吕惠卿也赶紧上奏请辞，但赵顼却拒绝其请。吕惠卿这回倒是表现得很要脸，他坚持居家待罪不出（不去上班）以表明自己坚决请辞的态度，赵顼最后派王安石和他的亲信太监冯宗道亲自去吕惠卿家里给他做思想工作让他同意回去上班，可吕惠卿还是坚决请求赵顼将他外贬。赵顼又派王安石和参知政事王珪一道再去规劝吕惠卿，可老吕这一回变现得可谓是“铁骨铮铮”，他就是不回去上班并请求当面向神宗诉说陈情。
君臣见面这天，赵顼直言吕升卿犯的事只代表其本人，他绝不会因此而牵连吕惠卿，可吕惠卿却说他之所以请辞并非单单只为此事，而是因为他感觉自己现在没法继续在中书省待下去了。
简而言之，吕惠卿向赵顼坦言他认为王安石这次回京复相之后对他有了戒心和怀疑，而且王安石也总是经常请病假，这让他感觉王安石是在有意疏远他。再者，他与王安石在工作中也多有意见不合之处，他又不愿违背本心一味地附和王安石，所以他觉得自己应该离开京城，如此便可让王安石心无旁骛地为国理政。最重要的是，吕惠卿自认为自己的治国才能比不了王安石，所以他就更没有必要继续待下去了。
这是吕惠卿第一次在正式场合表明自己与王安石不合，我们换个角度来说，这也可以理解为吕惠卿是在让神宗做出选择，要么他走，要么王安石走。可是，神宗这会儿怎么可能让王安石走？但他也不想就这样把吕惠卿给赶出京城，他要的是团结，他希望吕惠卿能够和王安石像从前那样精诚合作。
吕惠卿没有达到自己的目的，所以这次请对之后他仍然是拒不上班。又是一番请辞和拒绝之后，赵顼再次召见吕惠卿，他也再度表明了不会让吕惠卿外出任职的决心，而且他还半威胁性质地告谕吕惠卿：“安石政事，即朕之政事也！”
这就是说，王安石的意志也就是他这个皇帝的意志，所以你吕惠卿以后只管按照王安石说的来办就行了，其他的心思你暂且收起来，你对工作有意见可以，但你只能保留。话已经说到这个份上，吕惠卿知道自己再强拗下去也没有任何意义了，皇帝给你脸你就得兜着，继续装下去可能就不会有什么好果子吃。于是，吕惠卿这才心不甘情不愿地收回了辞呈。
这样的结果其实是王安石乐于见到的，他一直寄希望于能够通过自己的真诚相待打消吕惠卿对他的疑虑，可作为心里有鬼且手上也不干净的人，无论王安石说什么和做什么都能让吕惠卿产生异样的想法和杂念。他不认为王安石有那么高尚，因为他不相信这世上有那样的人，毕竟他自己就不是那样的人。与此同时，吕惠卿的留任却让另外两个人感到极度不满，一个当然是王雱，另一个则是当朝的另一位宰相韩绛。
韩绛之所以请赵顼下诏把王安石请回来就是为了要把吕惠卿给赶走，可如今半年过去了，王安石根本没有要跟吕惠卿算账的意思。此外，韩绛与王安石之间也开始心生嫌隙。这不是说韩绛想跟王安石争权，而是他觉得王安石变了，此前的那个嫉恶如仇且眼睛里容不得半点沙子的王安石现在变得有些“圆滑世故”，他甚至可以为了所谓的大局而姑息某些人的不法之举，这让韩绛无法接受。也就是在这个节骨眼上，韩绛和王安石因为一项人事任命而在神宗皇帝的面前当场争执了起来。
话说王安石准备任用一个叫刘向的人，但此人之前因为犯事而被免官，韩绛就因为这一点而坚决反对任用此人，可王安石认为眼下正是用人之际且刘向确实很有才干，所以他坚持要起用此人。两人争执不下就去找神宗圣裁，赵顼则打起了马虎眼，韩绛一气之下就上奏请辞。赵顼大惊，他认为韩绛因为这么一个芝麻绿豆大的事而提出辞职实在是有些小题大做。
韩绛却不以为然地说道：“如果连此等小事都不能做到公平正义，那又何况大事乎？”
他这么一问把神宗问得是哑口无言，赵顼最后只能顺从了韩绛的意愿把刘向的任命给否决了。看样子韩绛是胜利了，可他与王安石之间的嫌隙却也就此无法缝合。作为多年的至交，两人如今走到这一步是双方都不愿意看到的，为了不使两人的关系进一步恶化，韩绛决定和王安石“和平分手”。他上奏以患病为由请求辞去宰相的职务，神宗当然也知道如今王安石、韩绛和吕惠卿之间的微妙关系，这三人显然已经到了无法共存的地步，强行把他们三人捏合在一起到最后只会更加坏事。于是，在一番象征性的挽留后，韩绛最终被罢免了宰相之职，他以礼部尚书、观文殿大学士的头衔出知许州。