天启九年二月十三日，也就是杨鹤收到朝廷旨意后，身在甘州的施凤来也终于等到了皇帝的圣旨和密信。随后施凤来秘密携圣旨前往临洮府面见陈崇虞和刘文琦。
后来张辇和朱童蒙受邀来到陇西，也相继爆发了固原兵变和宁夏兵变，陇右和关中变成了陕西唯二还在朝廷掌控中的地方。
宁夏兵变后，杜弘域带着宁夏镇四卫残兵退入庄浪卫，接受朱童蒙指挥。
随后施凤来移镇兰州，将皇帝旨意公之于众，任命施凤来为陕西三边总督，令其全权处理陕西事务。施凤来授命张辇为临洮总兵官，总揽陇西各处军务。
张辇终于得到了由朝廷确认的兵权，虽然不是梦寐以求的陕西总兵官，但好歹是可以名正言顺地对陇西地区官兵进行调度安排了。
张辇首先命张显谟率甘肃镇各卫移师庄浪进行改编整顿。杜弘域的宁夏镇四卫则移驻金县进行整编。
张辇已经得到了朝廷的正式任命，杜弘域自然是服从安排。张显谟也愿意听命，但甘肃镇将士那是一万个不愿意。毕竟甘肃镇大多数士卒都是甘州、肃州等地的当地人，多数是不愿意离开家乡的，其中也有人不愿意上战场去冒生命危险。
为了此事，甘州几个卫所还差点哗变。
无奈，张显谟只能采取自愿招募的方式，但愿意前往庄浪的士卒寥寥无几。倒是沙州卫、罕东卫、罕东左卫、赤斤卫这几个早年内徙的卫所有不少想要建功立业谋求封官的蒙古人愿意前往庄浪。
最终有近五万人的甘肃镇，除了原本就在庄浪附近的庄浪卫、西宁卫、碾伯守御千户所，一共就只有不到一万人愿意听从调遣移师到庄浪。
闻讯，施凤来大是恼怒，认为张显谟办事不力，要废黜他总兵之职，被张辇给拦了下来。
张辇也很无奈，只能接受眼下的事实，毕竟整个陕西行都指挥使司也就是甘肃军镇历经二百多年其实与之前的陕西其它几镇无异，现在把他们逼到哗变造反实在不是什么明智的选择。
但张辇还是为得到了几千生力军而感到高兴。除了西宁卫要镇守青海不能轻易移师外，其余人马中有三千名蒙古族青壮士卒，而且张显谟还带来两万多马匹，使得张辇可以大量组建骑兵部队。
甘肃镇边兵全部编入庄浪卫，移师安定县。杜弘域宁夏四卫整编为宁夏卫和靖虏卫，靖虏卫移驻庄浪，宁夏卫留守金县。
完成了各部人马的整编和布防后，为了节省粮饷，应对各路义军，施凤来削减甘肃镇粮饷，只给予可以维持士卒生存的军粮。
其实没饷银也没什么，毕竟以前甘肃镇边军也长期遭受欠饷，但士兵要吃饭、要生存，不吃饭那是不行的啊。
施凤来这边安排人手将一定额的粮食运送到古浪守御千户所后就不管了，任凭甘肃镇之人自行分配。那就出问题了，那些粮食本就刚刚够而已，经过凉州、永昌等地一路贪官污吏、腐败边军的贪墨与漂没之后，最后能到甘州、肃州的粮食连三分之一都不到。
这是要饿死人的！甘肃等地纷纷派遣官吏到兰州询问施凤来，施凤来拿出文档账册等证据，证明粮食已经足额运送到了古浪所。
甘肃官吏就跑到古浪、凉州等地衙门质问，结果一路上遇到的官差都推诿责任，为自己洗脱罪名，在永昌被衙役打伤赶了出去，回程路过山丹卫时，伤者乞求入城治疗遭到拒绝，最终伤重不治死在了路上。
于是，甘州、肃州诸卫人马愤怒地向永昌、凉州等地的衙门和卫所杀去，导致甘肃镇爆发了大规模内讧，各卫之间大打出手，为了抢夺粮食相互厮杀。
杜弘域率靖虏卫镇守庄浪，施凤来、张显谟、张辇等也毫不过问，全都冷眼旁观，坐山观虎斗。
甘肃镇内讧历时数日，死伤几千人，凉州、永昌、镇番、山丹四卫被击溃，溃兵部分逃到庄浪被收编，部分逃到宁夏加入刘拾遗的光复军。
甘肃几卫抢夺了粮草，但没熬两天就消耗完了，于是群情汹涌杀奔到庄浪城下要粮。
杜弘域与甘肃镇那些人可没什么交情可言，便严词拒绝。
甘肃边兵愤而攻城，杜弘域督军防守，甘肃边兵数战不得，在庄浪城下留下数百具尸首后悻悻离去。
随后施凤来停止所有供给，宣布甘肃镇各部边兵叛乱。
甘肃镇边兵失去了粮饷补给和朝廷领导彻底变成了一盘散沙，只能和流贼一样四处劫掠、流窜。
紧接着，各部义军进犯关中，爆发第二次关中之战。张辇集结陇西各部官兵，亲自督师攻打占据秦州的义军王大梁部，意图打通去往关中的道路以策应关中战事。
王大梁为了阻击陇西官军，不断向秦州、徽州增兵。马守应派遣部将贺双全、兴加哈利率军出固原直逼巩昌府。刘拾遗为了策应关中战场也派遣人马过靖远威胁兰州。
陇西官兵面对各路义军的巨大压力，便再也没有精力去顾及甘肃镇这边了。
此时，被郑三儿打败的鄂尔多斯部与被林丹汗打败的科尔沁部正在河套会盟，获悉陕西各地消息后，当即决定西迁。
奥巴、孔果尔、额璘臣、沙克察等率科尔沁部、鄂尔多斯部及部分土默特部共二十余万人组成的蒙古大军从居延海破边而入。
此时的凉州卫、永昌卫、镇番卫辖地已经没有了守军，蒙古大军轻松入塞。
蒙古大军毫不恋战，趁此空虚之际直往西行，经永昌翻越祁连山脉进入青海。
进入青海后，奥巴、孔果尔、额璘臣、沙克察等部与原本就生活在青海地区的青海蒙古诸部为了争夺水源、草场等发生摩擦，爆发了多次大规模的冲突战事，也就无暇再去招惹大明，大明西宁、河州等地免遭袭扰，使得施凤来、张辇无需分心，可以专心对付大明内部的义军和叛乱。