己巳战役之后，关宁军顺势改组为“征东军团”。
关宁军入关前在整个辽西防线实际人数有十几万人，战斗部队约八万人，孙承宗带入关六万八千人，死伤四万五千余人，改组后数千关宁铁骑又被调入京营。可以说关宁军编制残缺，已经完全丧失了战斗能力。
上直军接手了山海关和宁远的防务，关宁军所有有关人员全部都回到蓟镇进行休整。朝廷革除大宁都司，遴选精壮人员编入征东军团，并提拔了大批年轻人员充实到中下层军职。
朝廷颁行了新的《大明兵卒法》、《大明军官法》、《大明边军法》、《大明卫戍法》、《大明军功抚恤法》等多部新的军事法典，替代旧有的军中律法和军务习惯，在征东军团全面贯彻实行。
大明一般士卒饷银是每人每月一两五钱，孙承宗主持蓟辽军务，关宁军饷银提高到每人每月一两八钱。改制后，军饷也有了变化，普通士卒军饷按照兵种、职位的不同从一两五钱到三两不等。
例如，没有如何军衔、军职的士卒，一般的后勤伙夫马夫等人员就是一两五钱的月饷，弓弩手、铳手、炮手等远程兵种是一两七钱，长矛兵、长戟兵等是一两九钱，盾兵、重甲步卒等是二两，铳炮、弓弩等远程骑兵是二两二钱，近战骑兵是二两五钱，斥候是二两八钱。
在军机处各种有意无意的操作下，征东军团和大宁都司的改组顺利进行。战斗的巨大伤亡和大量新士卒将官的编入，逐渐瓦解了未来可能一家独大的辽西将门，使得军队控制权牢牢掌握在朝廷手中。
随着征东军团和大宁都司完成了改制，北直隶、山东、山西三省首先完成了军务改革。
裁减、缩编了大量卫所，各州府只保留一个卫所，定编一万人作为城防军，平时务农生产，战时守卫州县城池，也是作为各野战军的后备兵源以及可安排退伍军人的去处，归属于各地方都指挥使司管辖。
另外就是新组建的，如登莱军、天雄军、晋绥军这样的野战部队，从民间招募或从卫所抽调而来，完全脱离生产、专注军戎战事的队伍。
最后就是京师三大营、上直军、军机二十二卫这样直属于皇帝的队伍，民间称之为“御林军”。
另一方面为了杜绝吃空饷喝兵血、冒领军功的情况，新军之中，士兵和将官的军饷皆是由监军处核发，将领无权经手属下士卒的军粮饷银。军中新设立了战 功处，战场上专门有人进行战场记录和斩首统计，逐步降低个人战功的比重，提高集体战功的申报和奖励。
天启十年三月十五日，山东登州府文登县，威海卫。
海水已经解冻，威海卫军港内遮天蔽日的帆船缓缓离开，驶向外海。
袁枢站在岸边楼台上举目眺望，泪水渐渐浸润了脸颊，满眼自豪。他兢兢业业，终究不负重望，完成了皇帝交付的任务，山东登莱船务工程全部结束，第一、第二两期规划的船厂船坞全部建成投入使用，并完整交付了第一批全套战船。
北海水师完成了全新战船入列。原有的几百艘战船，除小部分得到维护、船体状况较好的移交给了东江军使用外，其余全部拆除，所得木料遴选出还可用的部分用于打造新船。
北海水师现役战船三百五十艘，其中全新船只一百七十艘。
根据工部图纸复原打造的郑和宝船一艘用作水师旗舰，船长四十四丈、宽一十八丈、用料五千料，被称为“甲级宝船”。
原本船务局的总工们因为有了更坚固的材料，可以制造更大的龙骨，就修改了图纸，想要打造更加巨大的二代宝船。后来发现这艘船即使建造出来，需要的动力将会非常巨大，一旦无风或者逆流，这船几乎就无法航行了。
二代宝船最终没有施工建造，制作图纸命名为“乙级宝船”后进行封存。
于是，总工们修改了设计图纸，缩减了船体长宽尺寸，优化建造了船身长十八丈的二千料宝船二十艘，作为主将船，称为“丙级宝船”。
其余的则是三十艘福船、三十艘广船和五十艘其他船只。
完成北海水师全部第一批新战船的建造后，山东官府开始鼓励支持民间造船业，登莱三分之二的官营船厂转向民用船只的建造，承接目前民间无力完成的大船订单，余下三分之一的船厂负责建造中小战船和承担损伤战船的维修工作。
也就是这个时候，一位来自广东的商人找到胶州造船厂，拿出了一叠设计图。
船厂负责接待的人一看那些设计图，发现自己没见过，不敢擅作主张，就请来了船厂的总工。
总工仔细看了图纸后，道：“这不是我们大明的船只吧？看样子应该是西洋船的样式。”
商人惊讶道：“这位师傅有见识啊！”
总工道：“我之前时常跟随郑督师下南洋，在吕宋和巴达维亚见过，这种船似乎是叫什么……盖伦船？是非常适合远洋航行的船只。既然已经有了图纸，只要钱银到位，以我们的技艺造出来不成问题。不过，我冒昧问一句，不知这图纸从何而来？”
商人沉吟了一阵，道：“我们时常到南洋经商，需要更大更合适的海船，之前我们见到这种海船就提出想购买一艘，好说歹说，奈何那些佛郎机人就是不卖。后来在文莱那边我偶然遇到一位濒临破产的船主，这些图纸就是从他手中高价购买的。”
总工思索了一阵说道：“你这图纸花了多少银两买的？卖给我们吧。”
商人忙摇头：“不行，这我好不容易得来的。”
总工道：“你始终是要找人建造的，图纸不卖也早晚会被别的船匠学了去。”
商人狐疑道：“你们要这种船来做什么？”
总工道：“当今皇上想要恢复成祖年间三宝太监下西洋的宏图伟业，这几年不断寻求改进创新，希望能够打造出更加适合远洋的海船。我听闻佛郎机人的国家距离我们数万里之遥，都能驾船来到大明，证明他们的船型必然有可取之处，这些图纸对我们打造新式海船会有非常大的帮助。”
商人恍然大悟：“原来朝廷有这样的雄心壮志！那这图纸就赠与你们吧，就当我这小小商人也为国为民出一份力了。”
总工闻言，肃然起敬，拱手道：“先生大义！这样，我也不跟先生谈钱，按照您的图纸，我们免费给您造一艘，以后您来我们船厂买船或修船一律给打八折，这图纸我们复刻一份，如何？”
“好！感谢感谢！”商人闻言大笑，双方一拍即合。