天启九年十二月二十日，朱由校下旨：
革除“关宁军指挥使司”，改设“征东军团指挥使司”，组建“征东军团”；
任命袁崇焕为征东军团指挥使司指挥使，调赵率教为指挥同知，任命茅元仪为指挥佥事；
孙承宗调任为军机处首席军机大臣，入阁参预机务；
征东军团停留蓟州进行改组和兵力补充。
何可纲率山海关留守的关宁军入关，驻扎在遵化城外，听闻皇帝圣旨，不少将士都是颇有微词。
小兵问何可纲：“将军，为什么要改俺们关宁军的名字？”
何可纲思索了一会，道：“关宁军，关宁军，只是局限在山海关和宁远，眼光和气度都有限，改为征东军团，意味着皇上希望我们放眼辽东，希望我们收复故土啊！我大明有如此志气的君王，实在是我辽东子弟……不对！是我大明万千百姓之幸啊！”
小兵两眼放光，兴奋的道：“意思就是以后我们可以打回老家？”
何可纲拱手向天，道：“当今皇上是圣明天子，看皇上这一系列旨意和动作，必然是有恢复辽东之志的，我们离打回老家的日子不远啦！”
“呼——皇上万岁！大明万岁！”周边的征东军团士卒闻言都不禁欢呼起来。
征东军团的整编和补充也进一步实行。
首先是整顿了北直隶大宁都司下属的各个卫所。革除大宁都指挥使司，原有的四十六个卫所全部革除，其中的精壮人员遴选后编入征东军团。
剩下人员缩编改组为真定卫、河间卫、保定卫、涿州卫、武清卫、天津卫、密云卫、通州卫、蓟州卫、遵化卫、永平卫、抚宁卫、山海卫十三个卫所；
新设九个卫所，开平卫驻滦州西郊、迁安卫驻三屯营、平谷卫驻平谷县、昌平卫驻昌平州、顺义卫驻顺义县、良乡卫驻良乡县、霸州卫驻霸州、沧州卫驻沧州、顺德卫驻顺德府。
这些卫所直属军机处，世称“军机二十二卫”。
然后，军机处下发文书把原关宁铁骑编入京营三千营。这一举让包括袁崇焕在内的一大批原关宁军将士产生极大意见，那些关宁铁骑将士也是极为抗拒。军机处紧接着就下发文书要在征东军团建立新式的燧发火枪和火炮部队，袁崇焕等高层将领立刻自动自觉把关宁铁骑将士拉到三千营。
关宁铁骑编入三千营后，原有将领武阶都是升了一级，士卒俸银也从原关宁军每月一两八钱提升到京营的新标准二两五钱，并告知他们后期要更换新装备，改变为铳炮骑兵。
这一下不仅成为天子亲军，使用新式装备，待遇还得到大大提升，这些辽东将士欢天喜地就接受了新的身份和新的编制，高高兴兴入驻三千营。
岳托在得知皇太极从关内败逃后，内心深感不安，深怕明军集中兵力攻打。关宁军士卒移驻蓟州镇，满桂率领上直军接手了山海关的防守。得知消息，岳托果断下令毁坏城池，放弃宁远，亲率重兵驻守锦州。满桂便派人顺势收复宁远，并开始修复城防。
皇太极攻破将军石关后，一刻不停，沿着山川河谷、沟峦峭壁仓惶撤离，耗时半个多月，辗转千里才回到广宁。中途又收到海州之战兵败、辽南四卫丢失的消息。
皇太极仰天长叹，深感绝望。
这次入关征明，可以说是倾尽后金国力的拼死一战。虽然八旗军的主体女真人损失不算太大，整体实力还在，但是八旗汉军和八旗蒙军损失殆尽，且这一战过后，可以肯定的是蒙古诸部，特别是和科尔沁部之间必然会出现裂隙，即便名义上的盟友关系还在，大概率实际上也会是貌合神离的状态了。
而原本的战略目的是要在大明京畿富庶之地掠夺大量钱财、物资和人口回来补充辽东、缓解灾情的，结果现在不仅没有得到任何物资，反而将储存的军饷粮食消耗一空。原来就闹着饥荒的后金国内，更是雪上加霜，人心动荡。皇太极的统治地位也是岌岌可危。
回到盛京后，皇太极收到莽古尔泰和德格类叛投明廷的消息，被气得一口血喷出，不省人事。皇太极震怒，为了稳定人心，皇太极下令将莽古尔泰的妻子纳喇氏和留在盛京的三个儿子萨哈良、萨栋额、额必伦，以及德格类的妻子博尔济吉特氏打入大牢。再三确认莽古尔泰和德格类的确是叛变后，就把他们都处死了。
莽古尔泰和德格类的同胞姐妹莽古济被关入监牢，活活饿死，其丈夫吴尔古代则被幽禁在家中，在恐惧之中忧患而死。
皇太极回到盛京后与范文程密谈：“程先生，之前的征明行动，作战计划肯定是被明廷方面提前知晓，否则明狗不可能早早做好如此充分的准备，给我们设好了圈套等着我们去跳。大金国内必然有明廷派来的奸细潜伏着，随时把我们这里的情报送回，这该如何是好啊？”
范文程早有预料，便道：“汗王勿忧。明廷派来的奸细，应该就是明朝皇帝身边的东厂锦衣卫。我们也可以学习明廷的做法，挑选忠臣良将，建立类似的专业机构，来剿除潜伏在我大金国内的奸细，同时也向明廷境内派遣人员，潜伏并为我们搜集情报，为我所用。”
皇太极点点头：“程先生与本汗的想法不谋而合！这件事情就交给先生全权负责了，一定要保密。”
范文程受宠若惊，忙伏地跪下：“奴才叩谢汗王天恩与信任，奴才誓为大金赴汤蹈火，在所不辞！”
皇太极安排好给范文程的任务后，就召集了众旗主商议。
皇太极坐在上首问道：“面对如今的局势，各位旗主可有对策？”
众人一阵沉默。
“哎——”皇太极长叹口气，摇了摇头，仿佛整个人都苍老了十岁，便道：“如今十二弟重伤，镶白旗不能没有人主持，就由十四弟暂代镶白旗旗主之职，等十二弟伤势痊愈再做打算。”
“领命！”多尔衮应道。
“正蓝旗也要重建，但需要自己努力洗刷曾经的耻辱！济尔哈朗，任命你为正蓝旗旗主，从正黄旗、镶白旗、镶蓝旗各划两个牛录给你。”
“谢汗王，定不负汗王所望！”济尔哈朗应道。
“二阿哥牺牲了，正红旗也全都跟着殉国了，但是他们的传统和精神不能失传！硕托，任命你为正红旗旗主，从镶黄旗、正白旗、镶红旗各划两个牛录给你。”
“谢汗王，定不负汗王所托！”硕托应道。
“最后，命阿敏率镶蓝旗与八旗汉军进攻朝鲜，注意，主要任务是要尽量多夺取粮食物资，以缓解国内灾情。”
“领命！”阿敏应道。