八月十七日，鲁王朱寿鋐封忻城伯赵之龙为“天下兵马大元帅”，于扬州誓师北伐。
起事前，江南士绅集团就已经暗中控制了许多卫所军队，然后又以锦衣卫假传军令胁迫或者以通过杀害将领夺取兵权等方式掌控了更多军队。
不久，扬州府就已经聚集了邳州卫、淮安卫、大河卫、高邮卫、仪真卫、扬州卫及部分暗地招募训练的私兵，共计六万人。
赵之龙也不傻，他明白起兵造反没那么容易成功，所以也不着急北上，而是首先在扬州府改编重组军队，在军中大量安插自己人，清除不稳定因素，掌控整支队伍。
朱寿鋐任命柳祚昌为“左将军”统率滁州卫、英武卫、飞熊卫、江淮卫、建阳卫、沈阳右卫共计四万人驻守滁州，防备凤阳府一带的登莱军。
任命张拱日为“右将军”统帅南直隶的苏州卫、镇海卫、太仓卫、金山卫及浙江的海宁卫、杭州前卫、杭州右卫、绍兴卫、临山卫、宁波卫共计四万人，向浙江、福建等地进军。
张拱日率部南下，到达宁波府，本想乘船渡海攻打舟山岛，但是他发现整个浙江沿海居然连一条稍微大一点的船只都找不到了。
之前为了组建东海水师，就已经把浙江、福建、南直隶沿海几乎所有战船都抽调一空，现在江南叛军能找到的也就剩下一些小渔船以及内河船只，但内河船只大多不适合航海。
张拱日无奈，只能继续南下，台州卫、处州卫、温州卫都归附。当张拱日继续去寻找其他卫所和水师时才发现早已人去营空。
浙江沿海的观海卫、昌国卫、海门卫、松门卫、盘石卫、金乡卫大多是沿海的水师部队，前面南居仁整顿卫所时实际上已经把这几个卫所掏空，还能用的精壮人员全都调到舟山岛编入东海水师，老弱病残就发了点银子遣散归家，所以这些卫所虽然编制还在，但已名存实亡。
张拱日率部准备南下进入福建，在分水关一带遭到福建官兵顽强阻击，无奈只能放弃进入福建的想法。
福建都司指挥使王瑞栴和总兵官熊文灿收到朱由校的密信后就开始暗中准备，一收到朱寿鋐起事的消息便马上调集兵力屯驻福宁府、福宁州一线。熊文灿也立刻给郑芝龙去信，让他率南海水师回援。
八月十八日，在北京的朱由校也收到了锦衣卫传回的紧急报告。
“唉——终究还是来了，江南这帮人真的是作死。”在军机处，朱由校仰天长叹。
郭允厚来到朱由校身边，低声道：“陛下，府库中的存粮已逐渐减少，现在江南反叛，漕运必然断绝，当早做打算。”
闻言，朱由校看向徐光启，问道：“徐爱卿，现在新作物推广如何了？”
徐光启道：
“禀陛下，去年开始改良推广的主要有三种新作物。
第一是土豆，今年七月山东、北直隶的皇庄已经收获了第一批，但是数量较少，只能作为种苗分发到农户手中，年底第二批就能成熟，但保守估计也只能勉强补充当地百姓的吃食和育苗之用，真正收成还得看后续；
第二是玉米，去年就已完成了品种选育，今年山东和北直隶均有大面积的种植，本月底就可以收获，由于已无须再大量向农户派发种苗，所以今年皇庄应该可以收获到一定量的粮食来充实国库；
今年三月，河南的动乱平定后朝廷就向回归的农户分发了玉米种苗，并遣人指导耕作种植，预计十月左右就能成熟收获，可以为朝廷赈济河南减轻负担；
第三是甘薯，经过调研才发现，原来在两广和福建一带已有大量百姓种植，早已完成了种苗的选育且收获乐观，所以农政局在南方购买了大量种苗，直接在南直隶一带大面积种植，去年就已经获得了丰收，记录最高亩产达到惊人的两千六百斤，由于播种时间不同，今年八月至十一月每个月皆有收成，乐观预计今年甘薯的产量将大大上升，朝廷也可以获得大量粮食入库。”
“哈哈哈……好好好！众爱卿加把劲，相信不出几年，我们就可以解决饥荒，安定天下，振兴大明！”朱由校非常开心。
袁可立道：“陛下，江南反贼势大，也当早做准备，保护我凤阳府的粮食产区。”
朱由校点点头：“召集军机处群臣，开会！”
……
八月十九日，朱由校下旨公告天下，宣布江南诸军叛国，鲁王朱寿鋐为叛军贼首。封曹文诏为‘江浙总督’加‘平南大将军’，全权督办平叛事宜。
曹文诏在凤阳府召集了徐州左卫、武平卫、宿州卫、颍川卫、寿州卫、长淮卫、泗州卫，经过简单的整顿改组，设立为“凤阳军临时指挥使司”，任命冯举为凤阳军临时指挥使，曹鼎蛟为临时指挥同知。
九月一日，曹文诏誓师南讨叛逆。当天，冯举、曹鼎蛟率凤阳军直扑滁州。曹文诏亲率登莱军一师、六安卫、庐州卫及巢湖水师水陆并进向和州进军。卢象升派遣虎大威率天雄军一师、杨廷麟率天雄军二师出归德府，沿大运河向淮安府攻击前进。
九月三日，冯举率部到达滁州清流关，柳祚昌派了一卫兵力在此，冯举派人每天到关外劝降叫阵，守将充耳不闻，坚守不出。冯举也不着急，每天依旧。
同一日，曹文诏一路大张旗鼓，四处宣扬，大大方方把皇帝圣旨和平南大将军印信展示出来，招摇过市，又严格约束士卒，对沿途百姓秋毫无犯。于是一路毫无阻拦，很快就收复了防备空虚的和州城，然后沿江继续进军江浦县。
驻守江浦县的江淮卫听闻朝廷平南大将军率军亲至，士兵斗志全无，任凭指挥使催促驱赶，说做什么也不愿意再上阵厮杀。指挥使无奈，只能派人通知滁州的柳祚昌。
柳祚昌闻讯，生怕曹文诏和冯举一南一北把自己给吃掉，慌忙带着滁州守军撤往扬州。驻守清流关的沈阳右卫和江浦县的江淮卫闻讯，主动向朝廷大军投降。
曹文诏和冯举会于江浦县，与南京城隔江相望。
曹文诏看着长江对岸若隐若现的南京城，轻松地对属下笑道：“这江南的反动势力看来也不过就是一群纸老虎。”
冯举道：“督师，咱们何不渡过长江，消灭叛军，一举平定叛乱？”
曹文诏摇摇头，道：“陛下说了，让他们先蹦跶一会儿，让更多牛鬼蛇神露出头才能一网打尽，一劳永逸。”
天雄军一师、二师沿大运河一路攻击前进，也是没有遇到任何一点阻碍，顺利渡过淮河，收复淮安府，南驱高邮州，最后在扬州府北郊安营扎寨。
赵之龙率军驻扎在扬州府江都县周边，也不敢轻举妄动。柳祚昌带着部下逃到六合县坚守不出，登莱军也未曾追击。
至此，叛军大致控制了南直隶的江南、浙江、江西北部、湖广一带，据长江天险而守，与朝廷隔江对峙。