当义军在河南正活跃时，在山东地方上，莱州府，潍县。
在潍河西岸，有一片占地近两千亩的庞大庄园，门口的牌匾上书“山东肥料公司潍县分厂”。
此时，一支近百辆马车的车队缓缓进入庄园。
一名掌事正在逐辆清点车辆和马匹，反复清点三次确认无误后，掌事皱眉找到车队队长，问道：“这次给青州府客户运送肥料，出车一百辆，马两百匹，现在回来的马只有一百九十七匹，这事作何解释？”
队长面露难色，道：
“在益都县给衡王府送肥料时，那管家说货物太重就借了我们二十辆马车运到王府庄园里，回来的时候就有三辆车少了马。我也问了王府管家，但那人死不承认，说来的时候就这个样子，就这个数量，我也没有证据，对方又是王府的人，我有什么办法呢？”
掌事手持账簿，不悦道：“送一趟肥料一百车利润都不到百两，这一匹最差的驽马都要二十两，一下子就不见了三匹，没了六十两。我上报公司，等公司来定夺好了！”
东厂当初进入山东时，由于人手不足就暗地里招募了一批人，各行各业不论身份，他们没有正式的在册身份，也没有固定的俸禄薪资，但他们风闻奏事。不论大事小情，只要上报给当地百户所，根据事情重要程度，后果影响大小，就可以获得一钱到十万两的报酬，这些人被东厂内部称之为“暗番”。
而此时就在掌事和队长一旁的一名驾车小厮正是一名暗番，俩人的对话被他听得一清二楚，当天便报到了青州府百户所，青州百户所上报给位于济南府的山东千户所，山东千户所上报给魏忠贤。
七月二十六日，东厂的奏本放在朱由校案头。
朱由校看完，冷笑道：“贪污腐败都贪到朕的头上来了，好得很呐！朕的这些叔伯兄弟，鱼肉百姓，贪墨国朝，这是在挖大明的根！”
下首的魏忠贤和田尔耕不敢作声，毕竟这是皇家内部的事情。
朱由校沉吟了一会，叹了口气，道：“山东那边动手吧，东厂和锦衣卫共同行动。”
“遵旨！”
七月二十九日，那名暗番被留置在青州百户所。
看着眼前白花花的三万两银子，他马上意识到这次的事情大条了，不禁流出了一身冷汗，声音颤抖着问身边的锦衣卫：“请问大人，我……小人这……这次所奏之事，值……值……三万……三万两白银？”
那名锦衣卫道：“你小子发达啦！这次也许是仅次于晋商案的又一大案，你立功啦！”说着还兴奋地拍着暗番的肩头。
暗番哆哆嗦嗦，胃里风起云涌，一阵阵干呕起来。
锦衣卫明白过来，递了杯水给他，安慰道：“你放心吧！你立功了，银子你照收，后面会吸纳你为东厂的正式人员，你的身份资料也会被保密，为皇上卖命的人，皇上也会保你身家性命的！”
当晚，东厂和锦衣卫联合行动，各地同时展开。青州府益都县的衡王府、济南府历城县的德王府、兖州府滋阳县的鲁王府全都被查封。山东各地自知县以下官吏被大量抓捕入狱受审。
有趣的是，山东各地方百姓发现那些因为官吏被逮捕后出现的职位空缺，这边旧官吏刚下大狱，第二天各知府知县早有准备似的就任命新官吏补上，一点儿也不影响正常的行政事务。
八月三日，鲁王朱寿鋐、德郡王朱由枢、衡世子朱由棷被送京面圣。
锦衣卫护卫着车队回京师，在承天门外被韩爌带着人拦了下来。
锦衣卫带队的是都指挥佥事许显纯，见到承天门前乌泱泱一群朝中大臣，领头的还是当朝首辅。他也不敢怠慢，忙来到跟前，见礼道：“下官许显纯见过阁老，不知阁老和诸位大人这事？”
韩爌身边一人出列，问道：“车队可是押送鲁王、德郡王和衡世子入宫面圣？”
许显纯看见问话之人是兵科给事中张凤翔，便道：“张大人言重了，下官是奉皇上旨意护送皇族入宫面圣，何来押送一说？”
礼部主事荆养乔怒色道：“鲁王、德郡王、衡世子皆为皇亲国戚，皇族事宜历来皆由礼部管理，什么时候轮得到你们锦衣卫插手！”
明朝原本是专门设立了宗人府负责管理皇族事宜的，只是在永乐帝后宗人府大多由勋贵掌管，所管理的事务大多交给礼部来办理，所以宗人府基本上是名存实亡的状态。
百官拦着锦衣卫不让他们进宫，锦衣卫不敢硬闯也不肯把人交给韩爌等人，两方一时间僵持在紫禁城外。
许显纯无奈，只好派人告知田尔耕，田尔耕急忙奏告皇帝。
过了许久，魏忠贤和田尔耕带着大批锦衣卫来到承天门外。
魏忠贤道：“陛下有旨！鲁王朱寿鋐、德郡王朱由枢、衡世子朱由棷暂时安置锦衣卫衙门，令刑部、都察院、大理寺三司联同北镇抚司明日会审。”
锦衣卫这边自然是乐意。韩爌等文武百官虽然不乐意，但皇帝都明确下旨了，已经给足百官面子，自然也不好再蹬鼻子上脸，只好齐齐称是。
三王府中皇族血亲有四百多人，这些都是皇亲国戚，锦衣卫也不好用刑逼审，便顺势交给三司会审，而其余那些王府中人和各地抓捕的胥吏则全部被带到诏狱中去了。
其实这三司会审形同虚设，反正主审官问的问题这些皇亲国戚死皮赖脸一概否认，拼命推脱罪责撇开关系，主打一个无辜冤枉。三司也不敢对他们用刑。
如此一来，审问毫无线索，案情毫无进展。
北镇抚司参加会审的是当初朱由校从开平卫调回来的张全，他刚刚被任命为北镇抚司千户不到两个月。
影卫已经初步建成，朱由校便把张全调入锦衣卫，为以后彻底掌握这一特务机关做准备。
张全觉得这帮主审迂腐得不行，案件调查磨磨唧唧，在这里简直就是浪费时间，便留下几名手下在这里装装样子，自己一溜烟跑到诏狱里审人去了。
三司的主审官面对一帮子皇亲国戚束手无策，审了两个月，没有任何成效。
内阁首辅兼礼部尚书韩爌、刑部尚书薛贞、左都御史高弘图、大理寺卿陈扬美终于也是熬不住了，便齐齐入宫面圣，放弃会审。
于是，案件由锦衣卫全面接手。
天启八年十月十八日，朱由校下旨：革除鲁、德、衡三国，罚没家财家资，名下田产、房产全部收归朝廷，鲁、德、衡世系亲属全部废为庶人。
另外，在三王府的皇亲国戚中有四十七人手染人命、罪大恶极，被秘密押送到宗人府缢死。
山东各地抓捕的官吏、有关案犯八千余人，抄家灭族一千两百余人，其余流放边疆。
此案因遗失三匹马而起，是为“三马案”，世称“天启第三大案”。
“三马案”后，朱由校基本扫清了山东的地方势力，把整个山东牢牢掌握在手中。