此次大战，真是涨了朝廷的威风，自此之后，除了有倭寇，阿鲁台之外，周边国家再没有不尊朝廷的。凡是战场立功的都有封赏，加官进爵，这些将领在之后的战事中屡战屡胜，不愧为国家的脊梁。
许是长期作战的缘故，精神上的高度紧张加疲惫，突然又放松下来了，五十五岁的朱棣这回是真的生病了，这就影响了朝政，本来就积压了很多政务，再不处理就不行了，自然而然的，太孙就接了这个任务了。
不过说回来，让一个不满十六岁的孩童处理国家大事，能行吗，其实也就是皇帝的秘书而已，只是让他熟悉一下政务。
朱瞻基走马上任，这个时候的政务还是有点乱，怎么说呢，各部各种公务汇报，事不分大小，再就是什么谢恩呀，地方出来什么祥瑞呀，军务等等一大扎堆，直到永乐二十二年，才分为题本和奏本。
这也难为朱棣，光就军务就够他忙活的了，这个时候国家主要的军务还是海防（主要是常有倭寇进犯），云南的叛乱，交趾叛乱，和西北边防。哪怕是一个军官任用不当，都会出现大麻烦。
这些个将领都是朱棣精挑细选的，都是立过战功的。还有一部分军官被他予以重任，去专门处理一些紧急的要务，等有战事了，再调回来。最为重要的工作就是“一双眼睛”，锦衣卫和东厂就是他的眼睛，他不希望有哪个人去骗他。他做的这个皇帝也是操碎了心了。
朱瞻基让人把军务的奏折放到一边，其他的按照各部分类放好，以后就按这种分类摆放。他准备上午送给重要的奏折给朱棣处理，下午就是一般的公务，晚上就是一些无关紧要的事情。拿起第一本一看，说的是金州卫已经修好了好多个城堡，狼烟已经准备好了。
朱瞻基一想，应该是辽东一带，具体哪里不知道，糊的一逼，下一本，这一本也是差不多内容，是大同的屯堡。下一本，是张辅上的一份捷报，元月骑兵进兵来到了政平州，安南军掉以轻心，结果张辅却步行前行，连破老挝三关，活捉陈季扩，设升、华、思、义四州，增加卫所。之后又找到一份沐晟写的奏报，说的是安南霍乱横行，希望朝廷增派医生前往医治。朱瞻基翻完了所有的奏本，果然有汇报说浙江一带的瘟疫就是安南传过来的。
霍乱朱瞻基听说过，屠呦呦不是从一种野蒿里提取一种叫做青蒿素的嘛，但是仅此而已。这个世界果然很恐怖，别说派医生了，也要医生敢去呀。
朱瞻基去跟朱棣汇报这个事情，他正在听太监王狗儿读奏报呢。派医生估计是指望不上了，国内的还没有平息呢，再说这么远，又是打仗的，那个愿意去呀。
朱瞻基就建议几点卫生常识，先要隔离，霍乱应该可以由人，老鼠，蚊子这些传播的吧，应该先将发病的人隔离起来，再杀毒，防蚊，防鼠。最后就是关键的就是勤洗手，喝开水，煮熟食。朱棣想了一下，就同意了，让朱瞻基批复，用印。
朱瞻基也是头疼的很，太伤脑细胞了。很多事情不想管，但一是不忍心，二是本为一体，不得不去尽力而为。他一想这样下去不行，又是看地图，又是查资料，还要问大臣的，慌的一逼，还是赶紧得把朱棣这个病给治好吧。
朱瞻基找到盛寅，年纪轻轻的中年帅哥一枚。
“殿下，人吃五谷杂粮哪能不生病呢？皇上这只是正常的体虚之症而已。气不足，气血不畅，身体亏损，发虚。慢慢调理就会好起来的。心怀开放，畅快愉悦会对病情有帮助。还要多饮水，适度活动。”朱瞻基虽然不懂这个，但是也很感兴趣，不是有句话说“久病成医”吗？多多了解，对身体肯定有好处的。
朱瞻基每天嘱咐太监给朱棣多喝水，晚上亲自给朱棣洗脚按摩，朱棣老怀大慰。
不久后朱棣又收到了一封胡濙给他的奏折，说他母亲去世了，要请假回去守孝。
这个胡濙就是朱棣登基后不久被派出去寻找张三丰的一个官员，当时还是兵部给事中。结果还真的让他给找到了一个和尚，自称有三百多岁，牛逼拉轰的，当然朝廷大臣好多都知道他是被派出去找建文帝的。
现在都找了十四年了，还没有找到，朱棣把他招到行在，跟他说你先料理你母亲的后事，然后给我继续找，并且立马升为了礼部左侍郎，正三品。
这时候从福建来了一个道士叫曾辰孙，给朱棣看了病，开了药，朱棣吃完不几天病就好了，道士就跟皇帝说，这个药不是白来的，是我求了“二徐真君”，神仙显灵，你的病才好的。朱棣听了之后，专门修了灵济宫来供奉“二徐真君”。
这个世界到底怎么了，医生不灵神仙灵，朱瞻基也终于可以松一口气。
永乐十三年，正旦朝会之后，正月初八瓦剌三部派遣使者谢罪，上贡了一千匹好马，并且护送之前扣押的使者回京，请求归附。
元宵节的前一天晚上，灯会发生起火，造成了严重的踩踏事件，连都指挥同知马旺都成了冤死鬼。朱棣自我检讨，让各衙门停止送供奉物品。
二月二十六日，立马神庙。这个庙可能不是太受老百姓欢迎，说立了这个庙之后，马老爱糟蹋田地里的农作物。
四月初十，朱棣要给朱瞻基选幼军作护卫，拟选三万人，设立府军前卫亲军指挥使司，置指挥使五员，指挥同知十员，指挥佥事十二员，卫镇抚十员，经历司经历五员，千户所正千户二十五员，副千户五十员，所镇抚五十员，百户二百五十员。
朱瞻基一看，这不是假借我的名义办事吗？
四月十七日，金忠病故，同年谢晋也死了。
两个人地位差不多，但是结局却不同。
就在去年，大军凯旋的时候，朱高煦密报说太子“引驾迟缓，奏书不当”，盼着陛下早死，朱棣大怒，要把东宫官属下狱问罪，金忠跑到朱棣面前求情，说太子忠厚质朴，从来没有做过失礼的事情，这个绝对是诬陷。
金忠一生清贫为公，官至兵部尚书，五十多岁了还无儿无女，家里就一个下人，老夫人都要自己操持家务，生活很简陋，有余钱都拿来赈灾济贫。
金忠想让他的军匠籍的侄子给他延续香火，请朱棣帮忙调籍。朱棣很感慨，命令金忠纳妾。金忠只好遵旨，找了个贤惠的赵氏做偏房。赵氏为他生了个儿子叫金达，六个月后金忠就去世了。
谢晋虽然也是为太子出了死力，但是却得罪了皇帝，死的不明不白，家人也跟着遭罪。
五月，宋礼上奏本说海运风险太大，每年都有船只损坏而沉没。修船又要时间，为了赶工，只能增加科敛，成为百姓的负担，而且船只也不坚固。提议废止海运，改为以水路为主。
浙西、苏州、常州、松江的漕粮入淮安仓，镇江、庐州、凤阳、淮阳的漕粮入徐州仓，徐州、兖州的漕粮入济宁仓。让粮食通过会通河到达淮安，再用陆路转至济宁，然后又通过水路运送到济宁，再转至通州到达北京。浙江、直隶、湖广、江西等除了本地存留及供养南京的饷粮之外，总共有二百五十万石，运送到北京，军民各运一半。
陈瑄上奏开凿清江浦，让物质直接过淮安而不用陆地转运，朱棣允准。五月，陈瑄发动民夫开动，引导湖水入淮河，同时修筑移风、清江、福兴、新庄四闸，又沿湖十里筑堤，方便牵引路过的船只。从此之后，船只就可以直达清江口，节省了人力物力。
七月朱棣一行从北京出发，八月到达南京。