小智等人短暂的在真新镇休息了几天的时间就朝着成都地区出发了，小健留在了大木研究所内帮助大木博士研究和观察宝可梦，小刚则是回到了小智的队伍继续和小智，小月两人一起旅行。
小智三人经过几天的旅行来到了离若叶镇附近的一片森林里面，来到森林里面的一座湖泊之前停了下来。
因为前方有着一只身体以蓝色的为主，身边有着两条飘带的宝可梦在前方净化水。
“是水君诶！！”小月看到前方在净化水资源的宝可梦惊讶的说道。
“确实是水君诶！！”小刚看到前方的宝可梦之后也惊讶的说道。
水君感受到小智脖子上的项链的物品之后有些惊讶的看着小智，之后朝着小智点了点头，并且释放了一道自己的能量输入到了小智脖子上的金轮里面就离开了此地。
小智三人见到水君离开了之后小智三人朝着前方的若叶镇出发，小智三人来到了若叶镇之后先是来到了若叶镇的宝可梦中心休息。
“什么！！！乔伊小姐居然不在！！”小刚刚来到宝可梦中心之后就快速的冲到了乔伊小姐平时站在的地方后看到乔伊小姐不在而是吉利蛋在很失望的说道。
“吉利吉利。”吉利蛋看到失落的小刚指着头上的屏幕让小刚看屏幕。
“我是宝可梦中心的乔伊小姐，我现在要前往空木博士那边去了，大概要过两个小时的时间，请你们大家暂时稍等一会。”视屏到这里就结束了。
“果然长得一模一样啊。”小月看到视屏里面的乔伊小姐和自己等人经常见到的乔伊小姐一模一样说道。
“确实，一模一样。”小智也看到视屏中的乔伊小姐点了点头附和道。
“乔伊小姐！！”小刚看到视屏中的乔伊小姐一脸的激动，但是听到乔伊小姐不在之后又一脸沮丧的说道。
“我们先休息一会儿吧。”小智看到小刚这幅样子一脸无奈的说道，虽然不知道小刚在内木博士那边发生了什么事，但是看到小刚现在的样子也知道了小刚在内木博士哪里被打击的不轻。
“嗯！”小月听到小智的话之后和小智来到了宝可梦中心中的椅子上坐下休息。
“你们几个！！现在不是沉着冷静的时候，乔伊小姐一定是出了什么事了，我们去找她吧。”小刚一边手舞足蹈的说着，说完还向着外面跑去。
小智和小月看到跑出去的小刚，同时无奈的摇了摇头起身追了上去。
在小智来到若叶镇之前的时候，火箭队三人组因为迷雾的缘故误打误撞的闯入到了空木研究所之内。
“是乔伊小姐吗？？”火箭队三人组来到了空木研究所后再机器前观察着什么的空木博士听到声音询问道。
“乔伊。。。”火箭队三人组中的一位听到空木博士的话后有些不解的说道，不过刚说到一半就被另外一人捂住了嘴巴。
“是的，我是乔伊。”捂住刚刚说话的人听到空木博士的询问假装乔伊小姐说道。
“你的动作好快啊，我现在忙的眼睛不可开交，说错了，我现在很忙没时间给你泡茶喝，别见怪哦，
奥，要找小锯鳄的话，应该就放在那边啊。”空木博士忙着手上的研究根本没有发现并不是乔伊小姐而是火箭队三人组说道。
“对了，我忘记你找我来是什么事了。”装作乔伊小姐的人一边教训着另外一人一边说道。
“讨厌（我感觉空木博士和若叶镇的乔伊很像情侣），当然是请你来为小锯鳄做健康检查的了。”空木博士一边做着实验一边说道。
“小锯鳄？？x2。”刚刚说话的两人有些不解的问道。
“喵喵喵。”他们还想说些什么的时候他们另外一名伙伴喵喵痛苦的大喊道，看过去事一直蓝色为主的鳄鱼型的宝可梦咬住了喵喵的尾巴。
“瓦尼！！”小锯鳄朝着之前捂住另外一人的脸的人吐了一大口水，高兴的跳着舞。
“好...做健康检查是吗，那么我就收下它了，祝你好运。”火箭队三人组说着抱住小锯鳄离开了空木研究所。
“那么就麻烦你喽。”空木博士还是一心忙于研究看都不看一眼的说道。
视野重新回到小智这边，小智三人在宝可梦中心休息了一会儿之后来到了空木研究所前，不过研究所被封锁住了，君莎小姐站在空木研究所前和其他警察说着什么。
“哦！！美丽的君莎小姐。。。疼疼疼。”小刚看到君莎小姐就不知道从哪拿出一束花准备上前搭讪不过被小月拽住耳朵给拉走了。
“请问这里发生什么事了啊，怎么有这么多的警察包围了这里啊。”小智来到了君莎小姐面前之后询问道。
“这里是空木博士研究所。。。。”君莎小姐听到小智的询问之后刚要说明情况就被小刚给打断了。
“什么！！这里就是空木研究所？？？该不会是乔伊小姐出了什么事情吧！！”小刚听到君莎小姐的话之后立马弯腰钻进了警戒线内说道。
小智和小月无奈也钻进了警戒线跟着小刚跑进了空木研究所内。
“你们等一下，这里现在不能随意进入。”君莎小姐看到冲进去的三人也钻了进去说道。
小智三人来到空木研究所内之后，看到了乔伊小姐，乔伊小姐正在训斥一名穿着白大褂的男子。
小刚眼睛直勾勾地盯着乔伊小姐，脸上露出不怀好意的笑容，正准备抬脚上前搭讪。小月眼疾手快，一把揪住小刚的耳朵，使劲往回一拽。小刚吃痛，不得不跟着小月离开。
乔伊小姐对空木博士的斥责并未停止。她双手叉腰，柳眉倒竖，表情严肃，继续数落着空木博士的疏忽大意，让小锯鳄丢失。空木博士则像个做错事的孩子，低着头，不时地唉声叹气，一副懊悔不已的样子。
“小锯鳄丢失了？？这是怎么回事啊乔伊小姐。”小智听到乔伊小姐对空木博士的训斥的内容上前询问道。
乔伊小姐皱着眉头，生气地回答道：“空木博士太过执着于他的研究，竟然连要给新人训练家的小锯鳄都能弄丢！这让我们怎么向那位期待已久的训练家交代？”她的语气中充满了对空木博士的不满和对现状的担忧。
此时的空木博士，满脸懊恼与自责，他意识到自己的疏忽给大家带来了麻烦。他决定立刻采取行动，寻找小锯鳄的下落，以弥补自己的过失。
“那我们来帮你们找小锯鳄吧，你说对吧小智。”小刚听到乔伊小姐的话之后对着小智说道。
“嗯，乔伊小姐你们不要着急我也来帮你们找一下小锯鳄，我有波导之力找起来也方便一点。”小智听到小刚的话之后对着小智说道。
“那就谢谢你了，这只小锯鳄是为明天来领取初始宝可梦的新人训练家准备的宝可梦之一，这是图片。”乔伊小姐听到小智有着波导之力拿出小锯鳄的图片给小智看说道。
小智三人和乔伊小姐来到研究所外面之后展开波导之力寻找起了小锯鳄的下落。
“找到了！！”小智找了一段时间之后说道。
说完自己快步向着小锯鳄的所在地跑去，跑到的时候看到抱着小锯鳄的三人，一看又是火箭队三人组有点无语，这两人又菜又爱搞事。
“皮卡丘将小锯鳄带过来之后使用一百万伏特。”小智看到前方的火箭队三人组对着自己旁边的皮卡丘指挥道。
皮卡丘如闪电般疾驰，瞬间冲到了火箭队三人的面前。它敏捷地跳跃，一把将小锯鳄救下，然后迅速回到了小智的身边。
紧接着，皮卡丘聚集起全身的力量，释放出一道强大的雷电。电流如狂龙般呼啸而出，径直冲向火箭队三人组。他们被这一击打得飞了出去，消失在了远方的天空中。
小智紧接着和皮卡丘快步的跑回到了空木研究所将小锯鳄交还给了空木博士，空木博士将小锯鳄交给了乔伊小姐检查，
紧接着空木博士和小智三人聊了很多有关自己研究方面的东西，等到乔伊小姐给小锯鳄检查好之后让乔伊小姐给小智报名成都联盟之后就朝着下一座城市出发了。