上谕
崇祯十七年（公元1644年）丙午，皇帝颁谕兵部：“山东境内土寇频繁出没，严重阻碍了外部物资输送，而地方抚按对此竟无任何奏报。严令立即展开清剿行动，以打通饷道，确保后勤供应畅通。”
皇帝还要求：“针对地方因寇患导致人心动摇、民众闻警即逃、法纪荡然无存等情况，必须迅速实行赏罚制度，以此作为激励忠勇、惩治懦怯的手段。比如山西保德州知州因坚守有功，已获朝廷破格提拔嘉奖；而对于那些带头逃离者，不论是宗室成员还是官宦士绅，即刻予以拘捕审问，严惩不贷。”
彭琯奏
十八日丁未，工科给事中彭琯上奏指出：“昔日逆贼侵犯楚地，其得以煽动民心、聚众作乱，实乃百姓被其三年免征赋税、一名百姓也不会杀害的虚假承诺迷惑所致。而巡抚李乾德发布了类似免征赋税的公告，民众也更加振奋。倘若皇帝能够下达天下普遍免去赋税的诏令，广而告之，那将会带来何等景象呢？近来朝廷在崇祯十六、十七年间已有宽赦之举，但何不将这样的恩泽延续至崇祯十八年，待贼寇平定之后，国家仍有余力，并且对于遭受严重灾荒与赤地千里的地区酌情减免赋税，使得老弱妇孺接到这样的公告时感动落泪，这难道不是当前首要的仁政吗？
武昌失守之时，沿江两岸尸横遍野长达千里，虽然州县得以收复，但原任官员因罪在身，胆怯不敢继续处理政务，只能等待朝廷重新选派官员。然而被选派的新任官员，面对功名与生命安全的选择时，往往认为后者更为重要，因而不愿冒险赴任，宁愿蒙受罪责以躲避此任，这对于地方紧急事务的处理并无实际助益。因此，建议查究那些因城池陷落而失职的官员，除开城投降或率先逃跑者外，将他们调任至尚无官吏治理的地方，以这种方式维系人心，似乎尤为迫切和重要。”
马士英奏
十九日戊申，凤阳总督马士英奏报：“太湖地区因疏于防范而导致失守。中书舍人张同敞奏称，有匪徒抢劫丰县并破坏粮仓，实为乱兵而非寻常盗贼，朝廷遂命相关部门迅速行文通知督抚，要求尽快捉拿首恶并公开处决以示众。与此同时，郧阳推官朱翊辨上奏，揭露原籍郧县的周士奇在担任监军时，竟弃守郧县，率先逃逸；而平阳县镇守将领陈尚知更是投靠贼寇，充当先锋。”
东阳许都
二十日己酉，上海举人何刚上奏称：“浙江东阳、义乌两地素以忠义智勇之士闻名，昔日诸多名将、精锐之兵多出自于此，他深知东阳生员许都，其人天性忠孝，深谙兵法，善于识人，能与士卒同甘共苦，恳请朝廷启用许都为统帅，东阳、义乌及徽州、歙州两地的奇才，他愿以平民身份奔走联络，遵照戚继光之法，详细制定军规，激发忠义之心，一年之内，即可使之成为赴汤蹈火之勇士。他所知进士姚奇允、夏供佑、桐城生员周岐、陕西生员刘湘客、山西举人韩林等，皆为忧国忧民之士，恳请皇帝颁发手诏，召集天下豪杰，届时忠义智勇之士必将纷至沓来，助皇帝成就伟业。”
二十二日辛亥，皇帝谕示吏部、兵部、刑部，举人何刚所奏内容多有可取之处，特授其职方司主事之职，即刻前往东阳、义乌联络义勇，训练成一支精锐之师，以为平寇之用。皇帝又批准何刚所奏的推举许都、姚奇允任职事宜，要求相关部门尽快议定如何使用。
二月二十二日辛巳，御史吴邦臣奏报浙寇已被迅速剪除，建议对陈子龙、蒋若来两位擅长平乱之才予以特殊奖励。此前，东阳之乱实际上是由许都主导，许都乃
已经去世的南京兵部尚书许弘纲之孙，仗义疏财，深受远近民众敬仰。县令姚孙某贪婪暴虐，残害百姓，假借防乱之名，强行摊派各户交纳金银，其中对许都勒索万两。许都家境尚可，勉强缴纳数百两，亲自上门说明家中已无多余财力，姚孙某大怒，摘取许都所刻的社团文稿中的姓名，诬陷其结党谋反。许都被捕时，前来缴纳金银的民众挤满庭院，一片喧哗混乱。有位姚姓书生，当众将姚孙某按在座位上痛打，民众便拥戴许都为首领造反。巡按御史左光先闻讯，立即调动台州兵力前往镇压，所到之处大肆屠杀抢掠。东阳、汤溪、兰溪等地民众纷纷保卫家乡，抵御官兵，官军遭遇惨败。左光先遂以许都造反上报朝廷，集结兵力，筹集粮饷，官兵人人觊觎功名。杭州推官陈子龙认为许都实非叛乱之人，派遣生员蒋若来携带书信前往劝说。许都随即率领十三名同僚，直奔杭州投案，陈子龙为之辩解，左光先不允，将许都等人全部斩首，却隐瞒姚孙某的过错，竟命其官复原职。
三月初六日甲午，左光先奏报大寇已被彻底消灭，换地降旨，称赞陈子龙平定东阳之乱有功，特授其兵科给事中之职。