曹文诏自刎
当时，大批反叛势力在陕西省境内肆虐，朝廷对他们是剿灭还是招抚，一直犹豫不决。在此期间，前后有数十位总督、巡抚任事，但这些人有的因处置不当被朝廷谴责并召回，有的被逮捕羁押，有的甚至在京师西市被处决，有的在战场上阵亡，有的因战败而逃亡，数目众多，无法统计清楚。唯有陕西总督洪承畴在平叛上有独到之处，成效显着，因此从陕西巡抚晋升为五省都督，他亲自率领军队追击贼寇数千里，每次回到住所，连家门都不进。士兵们十分感动，争相为他效命。时任中枢要职的杨嗣昌对洪承畴的才能和战绩心存嫉妒，对其并不友善。
正月，贼寇攻克了灵台县。二月十二日壬戌日，汉中贼寇攻陷了宁羌县。六月初七己酉日，贼寇攻占了西和县。六月十九丁酉日，朝廷免去了陕西巡抚李乔官职，原因是认为他怯懦无能、玩忽职守。随后，朝廷任命甘学阔担任陕西巡抚。
六月二十八日丙午日，曹文诏力战气竭，自杀身亡。曹文诏英勇善战，曾前后斩杀上万贼寇，他的死讯令官军士气大挫。
七月十五癸亥日，贼寇攻占澄城县。八月初五壬午日，贼寇又攻克了咸阳城。
河南寇流充斥
正月初六日丁巳，贼寇攻陷荣阳并屠杀泛水县，又攻占了固始。当时，陕西的贼寇多达数千万人，出关后分散成三十六股，四处侵掠郡县。给事中常自裕上书指出：“中原地带关乎整个天下的安危，如今贼寇遍布，却仅靠左良玉的一支部队驻守新渑，陈邦治等几个营地扼守汝州，陈永福独立一支军队守卫南阳，而贼寇的营地像蜜蜂一样密集，数千贼兵遍布各地，官军在东西两边尽力阻挡，贼寇怎么会有所畏惧而不长驱直入呢？希望朝廷重新挑选边境士兵，并由廉洁勇敢的将领统领，同时特派重臣出征指挥，以免国家的核心地区彻底崩溃。”河南的贼寇再次侵入汉中，攻占了宁羌。
兵部经过商议，决定调动西北边防军以及南方军队，同时拨出内帑白银二十万两、户部军饷九十余万两，命令洪承畴统率这些军队出关，协调指挥各路巡抚、总兵，共同努力剿灭贼寇，期望在六个月内完成任务。洪承畴率军前往河南时，贼寇行动飘忽不定，尤其以豫中地区最为关键，从关陕以东，黄河以南，到襄阳以北，绵延数千里的区域内，到处流窜突击。
六月，朝廷将河南巡抚元嘿投入监狱，认为他怯懦无能，替代元嘿的是陈必谦。陈必谦是常熟人，万历四十二年癸丑（公元1614年）科考中进士，他与卢象升共同合作，全力剿匪，并指挥部署各路将领。
左良玉、陈永福、赵国柱等人在郏县、白沙、宜阳等地分别斩杀了兴世王、闯世王、整齐王和扫地王，一定程度上缓解了匪患。然而，在朝廷颁布赦免诏书到达河南时，陈必谦深知其中贼军投降可能有诈，本想要求投降的贼寇双手反绑前往军营，但副将王进忠剿匪无效，为了立功赎罪，独自一人进入贼营招安，结果被贼寇杀害，陈必谦也因此被罢免官职。贼寇又攻破了卢氏县。
十月十五日壬辰，贼寇偷袭并攻陷了陕州，围攻永宁，攻破了冀庄、冯庄等山寨及峋峪等十三个村庄。十一月，总兵祖宽在九嵩击败了贼寇，贼寇被打散为两部分，一部分向东逃往偃巩，另一部分向南逃往汝州，祖宽分兵追击，斩首一千余级。十二月初十日乙酉，以闯王、曹操为首的数十万贼寇围攻光州，携带了二十座大炮，猛烈轰击城池，发射了两炮后，城墙崩塌。城中瞬间燃起大火，贼寇趁机攻入，城内的官吏、士民被屠戮殆尽，无一幸免。