陈奇瑜总督五省
二月，朝廷晋升陈奇瑜为延绥巡抚、兵部右侍郎，赋予他总督陕西、山西、河南、湖广、四川五地军务的重任。陈奇瑜根据流贼动向，灵活采取剿灭或招抚的策略。在此之前，流贼势力已经扩散至陕西、山西、湖北、湖南和河南等多地，流动性极强，没有固定驻地。朝廷内部讨论认为，由于各地镇守官员权限不统一，往往互相观望不前，应当派遣一位重臣开设督府，统一指挥各路兵马共同对抗流贼。皇帝采纳了这个建议，经过集体商议，考虑到洪承畴在陕西三边地区的重要性，不宜轻易调动，因此最终任命陈奇瑜当此重任。
李自成降叛不常
洪承畴以其卓越的军事才能，率领曹文绍、曹变蛟、贺人龙等人，在宁塞、西安、延北、西濠、庄浪等地多次击败起贼寇，斩杀了包括神一魁在内的众多贼寇首领，并成功招降了中斗星等人，前后取得了很多剿匪成果。因此，张献忠与延安贼寇首领李自成被迫撤退至盩鄠地区。
六月，陈奇瑜在汉中车厢峡包围了李自成贼军，适逢连续四十天大雨，双方武器装备受损，贼军马匹缺乏草料，死亡过半，李自成陷入极其困境，只得自我捆绑请求投降。陈奇瑜接受了投降，并给予他们免死牌籍。七月七日辛卯，贼军抵达凤翔，声称持有督抚发布的檄文要求进城安置，凤翔守城官员识破其诡计，拒绝开启城门，要求只能通过绳索吊上城楼，首批登上城楼的三十六人名贼寇被尽数斩杀。陈奇瑜借此为由，弹劾当地官员妨碍招抚大局。皇帝下令锦衣卫逮捕了宝鸡知县李嘉彦、凤翔乡绅孙鹏等五十多人，并将他们投入监狱。
李自成攻陷登城，围攻合阳门，洪承畴率军赶到解除了围困，随后贼军转向进攻平凉、邠州。八月，李自成攻陷咸阳，杀害了知县赵济昌。官军到达后，贼军丢弃金银财物引诱官军，趁机向西撤离，屯驻在干州。官府试图招降，但贼军不予理会。之后贼军又攻占了陇州，每到一处迅速裹挟百姓，选拔精壮男子为贼军前驱，吸收妇女老弱以必要时引诱抵挡官军。因此诸多官员动不动就称斩杀首级报捷的消息并未真正削弱贼军的实力。
陈奇瑜上报招降了一万三千余名贼军。此前，大量的贼军被洪承畴逼迫逃往汉中地区。二月，起义军攻陷兴山；壬申日，他们进入瞿塘，攻占夔州。三月，四川军队在巴州击败了贼军。贼军被困在巴蜀西部地区的险要位置，缺粮少食，于是选择向陈奇瑜投降。陈奇瑜下令贼军各部仍保有器械兵甲，派出官员监督投降贼军，并通知沿途郡县准备粮食供应给投降的贼军。但实际上，大部分贼军并不是真心投降，况且也没有遭受重创，他们只是因为饥饿疲惫被困在险要地形中无法施展，一旦脱离险境，渐渐难以约束，重新开始劫掠，所到之处商业活动停止。贼军杀害了五十名监视他们的官员，进而攻陷麟游、永寿，形势愈发严峻。这是当年八月的事。
闰八月，陈奇瑜抵达凤县时，贼军势力更为壮大，其活动范围北接庆阳，西至巩昌，西北延伸至邠州、长安，西南至盩鄠、宝鸡，总兵力近二十万人。陈奇瑜意识到自己被贼军欺骗，急于分兵抵御，却发现兵力已然不足。九月，贼军相继攻陷灵台、崇信、白水、泾州，并再次攻占扶风。洪承畴派遣总兵左光先等人支援陇州的贺人龙，终于解除了围困。十月，左光先在高陵、富平一带与李自成交战，斩首四百余人，李自成假意向官军求和，真宁知县王家求轻信了这一消息，出城进行招抚，结果被杀失印。
甲寅日，陕西巡按傅永淳上奏朝廷说：“汉南地区的投降贼军再次攻城略地，造成各地动荡不安，这一切都源于陈奇瑜过于依赖招降政策，认定贼军已经改邪归正，不允许沿途盘查审讯。因此，各地官员不敢过问，敞开城门接纳，结果招降与剿灭两者均受影响，这些都是陈奇瑜政策带来的恶劣影响。”山西巡抚吴牲也表示：“招安流寇必须慎之又慎，因为他们狼子野心，难以驯服，何况边远地区贫瘠荒凉，居住条件艰苦，食物匮乏，仅仅承诺免死，并不能让他们真心归顺，难道他们真的就能甘心情愿地改变初衷吗？”
皇帝鉴于陕西地区盗匪猖獗，下令逮捕了巡抚练国事，改命李乔为陕西巡抚。十一月，撤销了总督陈奇瑜的职务，让其等待审查。十二月，晋升洪承畴为兵部尚书，总督河南、山西、陕西、湖广、保定、真定等地军务，同时继续担任三边总督。
贼军自缚乞降，说明已经极其困难了。此时就算不立即消灭敌人，也应该分化妥善安置，但却发放免死牌留下了后患，这样的做法显然并非明智之举，难怪舆论哗然。