吴执御论周延儒
八月，御史吴执御上疏指责道：“内阁首辅周延儒揽权过度，遮蔽视听，偏袒自己的同乡，每当塘报（军事通讯）和奏章中只要涉及到边疆盗贼活动的任何一个字眼时，周延儒都会以军机大事保密的接口，将文件密封后直接送到相关部门。这样第二天早晨，当廷臣们想要剖析事情的真相时，周延儒就可以将失败粉饰为胜利，或将功劳变成罪状。皇帝只看到周延儒对细节把握敏锐，但并不了解这只是周延儒实现私人目的的一种手段。”皇帝对吴执御进行了严厉的斥责，吴执御连续三次上疏弹劾周延儒的奏章都被留中不发。
张彝宪总理钱粮
九月，皇帝下令太监张彝宪全面负责户部和工部的钱粮事务。起初，皇帝已经罢免了许多宦官参与外部政务，转而将这些事务完全委托给地方督抚官员处理。然而，由于皇帝本人精明强干且执法严谨，导致很多官员并不能很好地完成工作和赢得皇帝信任。第二年，后金军南下，京城实行戒严状态，于是朝廷再度派遣宦官前往军营监察，自此以后，宦官们四处活动，动辄以上级官员的威势傲慢地对待其他各部门，造成各级官员相互隐瞒、阻碍政务运行的现象越来越普遍。
吴牲赈抚
正月己亥日，皇帝下令御史吴牲带着钱财前往陕西，赈济百姓，并且招抚流窜的盗贼。皇帝指示说：“陕西地区多次传来饥荒的消息，普通百姓失去了生计，很多人在走投无路的情况下被迫加入贼寇行列，自冒生命危险。所有人都是我的子民，怎能让百姓如此困苦不堪？现特拨十万银两，命御史前往受灾地区，依次有序地进行赈济，并告诫无知的百姓，即便是被迫加入了贼军，只要愿意悔过自新，回归正途，都将被视为良民，朝廷将给予改过自新的机会，一视同仁地加以保护和救济。”
四月，吴牲向西出发，抵达延长县，发现有盗贼聚集在城下，便向他们宣讲利害，并进行公平分发赈济物资，贼寇们听从劝解后各自散去。而那些流窜在外的盗贼听闻此消息后，也都纷纷回来接受赈济，总计有七千多名盗贼接受了招抚。
杨鹤受降
二月，贼军包围了庆阳，总督杨鹤正在邠州一带，没有立即出兵救援。直至三月，张应昌等人开始支援庆阳，贼军的围困才得以解除。初九日癸未，贼军首领孙继业等来向杨鹤投降，杨鹤接纳了他们。四月十六日己未，贼军中的重要首领神一魁也向杨鹤投降。杨鹤列举了他的罪状，并对其进行责备，神一魁低头认罪。神一魁拥有五千精锐骑兵，杨鹤夸大了招抚的困难程度，向朝廷上奏请求赐予大约一二万两白银用于赈济和安抚事宜。同时，杨鹤还向巡抚练国事提议，针对商雒地区的贼军采取招抚策略，练国事同意了这一方案。
二月二十七日庚子，另一贼军首领“满天星”也向杨鹤投降。杨鹤挑选其中骁勇的士兵编入自己的军队，并遣散了一万两千名党羽，命令这些贼军首领带领各自的手下返回原籍。
然而，短短几个月内，这些投降的贼军大多再次叛逃。二月二十九日壬寅，一部分贼军从合水和保安逃出，攻打中部地区，并在投降贼军的内应帮助下攻下了城池。七月，贼军首领上天龙、马老虎、独行狼再次掠夺鄜州，杨鹤与王承恩等人合力击败了他们。上天龙率领两千人投降，给事中孟国祥和曹履泰分别上奏指出杨鹤在招抚贼军过程中存在的欺骗和掩饰问题。当月癸未，杨鹤被捕并被押解至刑部监狱，最终被判戍边，原因是他在招抚中被贼军欺骗。起初，皇帝认为杨鹤极力主张招抚政策，放纵贼军导致民生受损，实为引发灾祸的罪魁祸首，本欲严惩他，但由于打算启用杨鹤的儿子杨嗣昌，因此饶恕了他的死罪。
八月，神一魁再次叛乱并占据了宁塞，官军对其展开了围攻。其部下黄友才斩杀了神一魁并将首级献给官军，但不久之后，黄友才也背叛并逃离。