其中，海兵都督府内设四部二十二司，设海兵左右都督，正一品官职，一级上将军衔，主持海兵所有事项，左都督主外，右都督主内。
设四位都督同知，从一品官职，两位充任幕僚本部幕僚长和后勤装备部本部长，一级上将军衔；两位充任舰队指挥部指挥长、陆战队指挥部指挥长，二级上将军衔。
设八位都督佥事，正二品官职，一位充任直属管理部本部长，中将军衔；一位右督察院海兵科都给事中兼任，充任海兵督察部本部长，无军衔，负责所有海兵事务督察监察，俗称见官大一级。
除此之外，海兵都督府还有六位都督佥事，协助左右都督和都督同知分管专项事务，中将军衔。
二十二司，主官均为都指挥使，正二品官职，中将军衔，下设处、组。
所辖海兵大学堂、海兵总医院、海兵装备研究所、宪兵第一总队，第一勤务总队等，均为正二品官职，指挥使级别，最高中将衔。
四大镇守府，设左右总督各一名，从一品官职，二级上将军衔，同样左主外，右主内，下设宪兵总队、勤务总队、医院、专科学堂、巡防舰队、基地、工厂、仓库、炮台等直属部门和隶属部队，指挥官级别从从四品到三品官职，守备到指挥使，中校至少将衔。
中央舰队，设指挥长一名，由舰队指挥部指挥长兼任，设副指挥长一人，都指挥同知级别，正二品官职，中将衔。
内设舰队指挥部本部，幕僚长一名，都指挥同知级别，中将衔，设指挥、职方、支援三处，都指挥佥事级别，少将军衔。
下设舰队、战队两个级别，分别为三品的指挥使、准将或少将衔，从三品的指挥同知、上校或准将衔。
所属舰长，主力舰舰长为从三品，指挥同知，上校或准将，巡洋舰舰长或大型运输舰为正四品上校，雷击舰、炮舰及以下舰船，五品至从四品不等，不过作为一舰之长，军衔依然最低为少校军衔。
海兵陆战队，由于前期作战不力，也是此次改造重点，设指挥长一名，由陆战队指挥部指挥长兼任，设副指挥长一人，副将级，从二品官职，中将衔，三人。
内设陆战队指挥部本部，幕僚长一名，副将级，从二品官职，中将衔，下设指挥、职方、支援三处，参将级，三品职，少将衔。
下设营、协、标、哨、队、什等级别，三品以下至等外军官，主官分别为参将、游击、都司、哨官、队正、什长，军衔分为将、校、尉、准尉、士官。
按照大明海兵条例，自从成功爷去世之后，海兵元帅一职已经空悬一百八十余年，看得见的未来也不可能轻授，一级、二级上将可是有定额的，一级上将定额八人，二级上将定额二十人，非空缺中将不得晋升，这一规定熬白了多少海兵中将的头发，所以乎大家伙都削尖脑袋想往海兵都督府里面钻，将来青史留名也好，泽被后人也好，说白了还不是想有个出身。
经过一番梳理，海兵现有一级上将四人，二级上将不到二十人，中将五十余人，各色少将、准将三百二十余人，将、官、兵比例达到一比三百比一千。当然，编制调整后，依然是老人老办法，现在将官保持待遇不变，等到了最低服役年限就可以退役荣归，力争将将官员额压缩至250人以内，不过将来想要晋升将官可是千难万难了。
六是确定驻地及兵力。经过再造后，海兵总兵力由原来的近六十万人，大幅压缩至四十三万人，其中，海兵都督府驻京师龙江关一带，编制三万余人。
中央舰队编制五万余人，现有一万余人，缺额四万，指挥部驻海州，目前下辖巡洋舰队、支援舰队各一，现有各色战舰二十艘，大部分都是老旧舰船。
陆战队编制十五万余人，指挥部驻京师龙江关，中央营、东方营、南方营、海外营，其中，中央营在京师龙江，东方营在海州，南方营在广州，前三个营整建制驻守，各编制三万人，海外营的营头在印尼，下辖印尼、安南、琉球、台湾、印尼、狮城等六个混成协，负责海外领土和殖民地治安及防卫作战，编制六万人。
督察宪兵编制七万余人，归由海兵都督府督察部直接指挥，分成七个独立总队，各编制一万人，分别逐级驻守都督府、中央舰队、陆战队，以及四个镇守府。
直隶镇守府驻松江，编制四万余人，下辖镇守府本部及直属单位，以及基地、港口码头、守备战队、炮台、医院、院校、工厂、仓库，新兵训练所，负责从海州至奉贤当面海上防务，长江内江面防务，以及中央舰队和海兵陆战队补给维修。
浙江镇守府驻杭州，编制三万余人，下辖镇守府本部及直属单位，以及基地、港口码头、守备战队、炮台、医院、院校、工厂、仓库，新兵训练所，负责从杭州湾至台州当面海上防务，以及中央舰队和海兵陆战队补给维修。
福建镇守府驻福州，编制三万余人，下辖镇守府本部及直属单位，以及基地、港口码头、守备战队、炮台、医院、院校、工厂、仓库，新兵训练所，负责福建当面、澎湖海上防务，以及中央舰队和海兵陆战队补给维修。
两广镇守府驻广州，编制三万余人，下辖镇守府本部及直属单位，以及基地、港口码头、守备战队、炮台、医院、院校、工厂、仓库，新兵训练所，负责汕头至北部湾当面海上防务，以及中央舰队和海兵陆战队补给维修。
原编制六十余万人中，经历连番大战，累计损失近六万余人，尽管大部分是海兵陆战队的损失，此次也还是要再裁撤近十一万人，这可不是个数字，落到每个海兵头上都是晴天霹雳，不少海兵全家老小都是依仗着这份微薄的收入过活，这十一万人加上前面战没、被俘的六万官兵，有可能涉及到十七万个家庭近百万人口，突然裁撤，说不得会引起社会动荡。
因此，海兵都督府专门提出裁撤分为三年进行，参议院原则上表示同意，尽管如此，也还是责成朝廷想办法加大善后工作，严防出现意外。